万历五年三月二十八的大朝会结束时，除了撞柱子自杀的王用汲还在医院里养伤，陆树声、张瀚、万士和和王希烈也被免廷杖之外，其余三十二个参劾张居正，反对新政且当朝逼宫的官员，连同从诏狱里面提出来的刘台和傅应祯，共三十四人，被集体廷杖。
明代的廷杖是极为残忍且羞辱性的肉刑。成化年以前，凡受廷杖者不用去衣，反而用厚绵底衣，主要目的是示辱而已，然受仗者犹卧床数月，而后得愈。
刘瑾专权时期，受杖者开始被去衣杖刑——此朱翊钧“大白屁股”之谓也。
可能是皇权对臣子羞辱过头之后，大臣反而有了斯德哥尔摩综合征一般，到了明中期以后，受杖大臣立即以敢于廷争面折而声名播于天下，并且名垂“帛竹”——就是史册。实际上，是皇权失去了舆论阵地，话语权被士绅剥夺所致。
由于屁股上挨几板子就可以名垂千古，因此很多靠名声吃饭的，冒险骗取廷杖的也大有人在。到了明中后期，皇帝也鸡贼起来，廷杖之前一般要揣摩一下受杖者的心思，看看他是否有靠廷杖扬名之意，如果有——直接打死拉倒。
廷杖分“用心打”和“着实打”，至于采取何种打法由监刑官按皇帝的密令决定，如果监刑官脚尖张开，那么就是“用心打”，最多会导致残废；如果监刑官脚尖闭合，那么就是“着实打”，则受刑的大臣必死无疑。
由于朱翊钧在朝会上定了调子，这次是略施薄惩，每人十杖让他们“求仁得仁”——因此这次既不用心，也不着实，就是轻轻打了十下。
廷杖的工具本来由栗木制成，击人的一端削成槌状，包有铁皮，铁皮上还有倒勾，一棒击下去，行刑人再顺势一扯，尖利的倒勾就会把受刑人身上连皮带肉撕下一大块来。
朱翊钧尽管要做政治表态，但他不是变态。因此下旨，将廷杖尖端的铁皮去掉，受杖者不仅不去衣，每人还发一块羊毛毡子——示天下以仁。
但如此以来，被杖者就没有了撕心裂肺表演铁骨铮铮的动力，施杖的锦衣卫也没有展示他们妙到毫巅廷杖功力的欲望，整个过程啪啪十下，所有人都觉得索然无味——有几个心里蠢蠢欲动想要主动脱裤子的，看了看身边难兄难弟如释重负的表情，也没好意思开口。
但随后的皇帝下发的谕旨处分就重了，凡在殿中逼宫的臣子连同刘台、傅应祯两个，除了陆树声归籍闲住，退休待遇保留以外，剩下的全体一撸到底，成了白身——为了示天下以变法之意甚坚，还追夺了他们出身文字，也就是说这些人连秀才的免税待遇也没有了。
吏部尚书张瀚的失落感最大，他这几年尽管当了吏部尚书，但基本上是张居正的牵线木偶，积压了满腹的怨毒。这次好容易雄起一把，却把全部身家折个精光——从被罢官之后，他就开始自言自语，应该是半疯了。
王希烈和万士和两位老兄，都是理学名臣，高官厚禄不放在眼里那种，因此还挺得住。但朱翊钧的手段还没有完，因为王希烈伴驾较多，两人有点感情，皇帝给王希烈赐了临别礼物，上书“危行言孙”的一幅大字——皇室精品装裱，署名为御笔，还盖了“圣余慎逊”的私章。
王希烈看到了皇帝这幅字，彻底灰心了。这四个字出自论语，全文是“邦有道，危言危行；邦无道，危行言孙。”皇帝给他这四个字的意思是，你既然觉得皇帝变法错了，为“邦无道”之举，那你也要做到“危行言孙”，就是谨慎正直做事的同时，要把嘴闭上。
他理解皇帝赐这字有两方面意思，一是咱哥俩尽管政见不同，但有些私人感情，地方官要长点眼，不能欺负王希烈，这是好意；第二个意思是借着这四个字，警告所有被罢官的官员，回家后要把嘴闭上——在野非议朝政，也不行！
皇帝赐字那肯定不能扔，还要回家供起来。王希烈等人在京师喝了几天大酒，被人吹捧了一番之后，就带着这副大字收拾东西乖乖回家了。
被廷杖的“三十四君子”，根本没受伤，仅仅是屁股红肿几天而已——因此这高名也有些注水，返乡路上请他们参加文会的也不多，从此后泯然众人矣。
这边朱翊钧暂时压服了百官，还要去哄一哄张居正。张居正被门生刘台一本五千字参劾擅作威福，黑狗血淋了一身，真气着了，有些的灰心意冷；而核心党羽张瀚入骨三分的一刀，更把他砍的胆战心惊，因此接连上两本辞职。
当然，他被参劾后上第一本辞职奏章，本来就是臣子的该有的本分动作。因此在第一本内他说“朝廷庶事尚未尽康，海内黎元尚未咸若，而变法才兴，确不是言去之时”。但“言者以臣擅作威福，而臣所以代主行政者，非威也，则福也取其近似而议之。事事皆可作威，事事皆可作福。”
张居正先说自己现在辞职，确实不是时候，那意思您要留我别走。随后提出条件，刘台和这些人说我擅作威福，您得给个说法，要不我没法出来做事。
出乎他意料之外的是，皇帝给他的说法已经超过了他最最乐观的估计。张居正以为，皇帝能把刘台逮捕下狱，就已经够可以了，没想到皇帝召开临时朝会，一口气罢了两尚书、两个侍郎，一堆杂鱼也全被廷杖！
张居正虽然可见皇帝要厉行变法的决心，然而王用汲的死谏，也确实吓着他了。有明一代，大臣集体辞职逼宫张居正闻所未闻；而王用汲的当朝撞柱，张居正也仅从史书得见——这样的人，史书记载全部都是忠臣，而被其弹劾的，基本上都是些反面人物。
本来应该立即复出的张居正有些退缩了，他深刻的体会到守旧势力的强大，在家中对长子张嗣文说道：“皇上虽然圣明，然谗言日哗于耳，即使不能为之投杼，而为父以身俯谤，岂臣节所宜有乎？”——诽谤之言众多，虽以曾参之贤，而其母投杼逾墙而走，皇帝对我的信心能保持多久呢？说完这话，张居正几乎落泪。
张嗣文听了父亲的真心话，哭道：“父亲为相五年，国事起衰振隳，以儿子观之，您已跻身国朝名相之列。皇上此番操切为政，欲行大变法——儿子观皇上给父亲的变法纲要，翻天覆地之变也！您何必负疑谤于身，行不可为之事？”
于是，张居正在纠结矛盾的心情中，于大朝会第二天再上一奏疏求去。其言甚哀：“伏望皇上怜臣之志，矜臣之愚，特赐罢归。博求庙廊山林之间，必有才全德备之士，既有益于国而不恶于众者，在皇上任之而已......”这回是真想撂挑子不干了。
朱翊钧览奏后，无奈之余亲笔写了一封信道：“先帝以朕幼小，托付了先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳苦，不避怨谤，不居功劳，皇天后土祖宗必共鉴知。些许畜物为党丧心，狂发悖言，动摇社稷，自有朕为先生做主。先生不必如此介意，只念先帝顾命，朕所倚任，以保安社稷，兴革天下为重，即出辅理......”
又派身边管事太监孙隆，带着表里八件，御酒四瓶以及玉佩一件，将信送到张府。
张居正见孙隆来，也在意料之中，吩咐摆香案接旨。孙隆道：“皇爷特意嘱咐奴婢，此非旨意，乃信也。”将朱翊钧亲笔信交给张居正看了，张居正净手捧读后，当着孙隆的面涕泪交流，虽未答应复出，但心意再次动摇。
此后几天，朱翊钧连续派身边人送东西，传口谕，温言抚慰张居正。张居正推辞不得，且也有雄心，终于在四月初三日，对再次到来的孙隆表态，复出视事，开始变法！