当朝中得到清兵大举来攻的讯息时，百官惊惶之极。兵部尚书王之光与廷臣商议，人人束手无策，以为这一次宁远一定要失了，不知山海关是否能保得住。后来得到捷报，朝野自然喜出望外，谢天谢地。
高第因不援宁远而免职，以王之臣代。袁崇焕升为右佥都御史。那是正四品的官。
三月，复设辽东巡抚，由袁崇焕升任。但魏忠贤见他地位重要了起来，开始对他提防，派了两名亲信太监刘应坤与纪用去宁远监军。皇帝派特务监视部队长官，是历代政治腐败时常常出现的情形。特务干预军事，后果一定极差，所以袁崇焕上疏反对，但抗议无效，特务太监非来不可。朝廷为了安抚他，加他一个兵部右侍郎（正三品，相当于国防部第二副部长）的头衔，并赏银币，子孙世袭锦衣千户。
在这时候，袁崇焕与大将满桂之间，发生了激烈冲突，冲突的原因在于另一个大将赵率教。
满桂和赵率教都是第一流的将领，但性格很不同1。满桂是蒙古人，非常的戆直，简直有些傻里傻气。赵率教却十分的机灵精乖，相信他一定很会讨好上司，所以每一个辽东统帅自袁应泰、王在晋、孙承宗、高第、以至袁崇焕，个个都很喜欢他（在《碧血剑》小说里，当袁承志周岁时送金项圈的就是他）。
满桂和他本来是非常要好的朋友。当清兵大举来攻宁远时，赵率教在前屯卫镇守，派了一名都司、四名守备带兵来援。当时大敌压境，赵率教自己不来和上司及好朋友共赴患难，所派的援兵又到得很迟，满桂大大不高兴，不许援兵进城，后来因袁崇焕的命令才放他们进来。等到宁远解围，赵率教想分功。满桂不许，又骂他为甚么自己不来救援，太没有义气。两人为此大吵。大概满桂的态度十分粗鲁，蒙古三字经骂之不已，说不定还想出拳打人，袁崇焕便袒护赵率教。冲突转移到了袁、满二人之间，或许满桂对上司不够尊敬，于是袁崇焕要求将满桂调走2。
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已颁下了，于是听了王之臣的主张，再命满桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留左都督原官，派在国防机构办事。
这件事情显然是袁崇焕的蛮子脾气发作，冲动起来，作出了违反理智的决定。由于王之臣袒护满桂，袁崇焕又去和王之臣吵闹。朝廷怕王之臣与袁崇焕不断冲突，坏了大事，于是将指挥权划分为二：关内的部队由辽东经略王之臣指挥，关外部队则由辽东巡抚袁崇焕指挥。经略的官比巡抚大，但这时袁崇焕已不属辽东经略管了。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部队司令。武将受文官指挥。幸亏袁崇焕不坚持错误，否则二次宁远大战，就不能得到满桂这样的大将来主持城防。
在这时候，袁崇焕上了一道奏章，提出守辽的基本战略，这道奏章有很大的重要性。其中主张：一、用辽人守辽土；二、屯田，以辽土养军队；三、以守为主，等待机会再出击。他最担心的事，是立了功劳之后，敌人必定要使反间计，散播谣言，而本国必定有人妒忌毁谤3。
他深知明军的战斗力不如清军，野战不利，只有用己之长，所以提出了战术的基本原则：“兵不利野战，只有凭坚城、用大炮一策。”
所统带的部队无力打野战，作为主帅，自然深感棘手。但训练一支善打野战的劲旅，非一朝一夕之功，那是无可奈何的；而对于势所必至的朝臣忌功中伤，更是无可奈何，只有盼望皇帝和大臣们能加以照顾了。
袁崇焕也不是一味的蛮干，有时也有他机灵的一面。他对魏忠贤派去监视他的两名特务太监敷衍得很好。当年冬天，他带同赵率教以及两名特务太监刘应坤、纪用，兴办防御工事及屯田，渐渐又再收复了高第所放弃的土地。
他在奏章中将这两名太监的功劳吹嘘了一番，所以魏忠贤和刘应坤、纪用三人都得到了封赏。刘、纪二人似乎也不是坏太监，并没有对袁崇焕掣肘阻挠，后来宁锦大战，刘应坤在宁远上城督战，纪用在锦州上城督战，都勇敢得很。大概二人为袁崇焕的忠勇所感召，也变得忠勇起来。可见也不是所有的太监都是坏人，主要还在领导者如何领导。
1《明史·满桂传》：“桂椎鲁甚，然忠勇绝伦，不好声色，与士卒同甘苦。”《明史·赵率教传》：“率教为将廉勇，待士有恩，勤身奉公，劳而不懈，与满桂并称良将。二人既殁，益无能办东事者。”
2袁崇焕奏章中说满桂“意气骄矜，谩骂僚属，恐坏封疆大计，乞移之别镇，以关外事权归率教。”
3《明史·袁崇焕传》引述他的奏章：“陛下以关内外分责二臣。用辽人守辽土，且守且战，且筑且屯。屯种所入，可渐减海运。大要坚壁清野以为体，乘间击瑕以为用。战虽不足，守则有余。守既有余，战无不足。顾勇猛图敌，敌必仇，奋迅立功，众必忌。任劳则必召怨，蒙罪始可有功。怨不深则劳不着，罪不大则功不成。谤书盈箧，毁言日至，自古已然，惟圣明与廷臣始终之。”