袁崇焕蒙冤下狱，朝中群臣大都知他冤枉。内阁大学士周延儒和成基命、吏部尚书王来光都上疏解救。总兵祖大寿上书，愿削职为民，为皇帝死战尽力，以官阶赠荫请赎袁崇焕之“罪”。袁崇焕的部属何之壁率同全家四十余口，到宫外申请，愿意全家入狱，代替袁崇焕出来。崇祯一概不准。崇祯一定很清楚的知道，单凭杨太监从清军那里听来的几句话，就此判定袁崇焕有罪，那是不能令人信服的，何况这“群英会蒋干中计”的故事，人人皆知。皇帝而成了大白脸曹操，太也可羞。这时发生了一件奇怪的事：御史曹永祚忽然捉到了奸细刘文瑞等七人，自称奉袁崇焕之命通敌，送信去给清军。这七名奸细交给锦衣卫押管。崇祯命诸大臣会审，不料到第二天辰刻，诸大臣会齐审讯，锦衣卫报称：七名奸细都逃走了。众大臣相顾愕然，心中自然雪亮，皇上决心要杀袁崇焕。锦衣卫是皇帝的御用警察，放走这七名“奸细”，自然是出于皇帝的密旨。猜想起来，那御史曹永祚本来想附和皇帝，安排了七名假奸细来诬陷袁崇焕，但不知如何，部署无法周密，预料众大臣会审一定会露出马脚。崇祯就吩咐锦衣卫将七名奸细放了，更可能是悄悄杀了灭口。
对于这件事，负责监察查核军务的兵科给事中钱家修向皇帝指出了严重责问。崇祯难以辩驳，只得敷衍他说，待将袁崇焕审问明白后，便即派去边疆办事立功，还准备升他的官。崇祯这个答复，其实已等于承认袁崇焕无罪1。
兵部职方司主管军令、军政，对军务内情知道得最清楚。职方司郎中（司长）余大成极力为袁崇焕辩白，与兵部尚书梁廷栋几乎日日为此事争执。当时朝廷加在袁崇焕头上的罪名有两条，一是“叛逆”，二是“擅主和议”。所谓叛逆，惟一的证据是擅杀毛文龙，去敌所忌。袁崇焕擅杀毛文龙，手续上固有错误，可是毛死之后，崇祯明令公布毛文龙的罪状，又公开嘉奖袁崇焕杀得对，就算当真杀错，责任也是在皇帝了，已不能作为袁崇焕的罪名2。
嘉靖年间，曾有过一个类似的有名例子：在徐阶的主持下，终于扳倒了大奸臣严嵩、严世蕃父子。严世蕃十分工于心计，在狱中设法放出空气，说别的事情我都不怕，但如说我害死沈炼、杨继盛，我父子就难逃一死。三法司听到了，果然中计，便以此定为他的主要罪名。徐阶看了审案的定稿之后，说道：“这道奏章一上去，严公子就无罪释放了。”三法司忙问原因。徐阶解释理由：杀沈杨二人，是嘉靖皇帝下的特旨，你们说沈杨二人杀错了，那就是指责皇上的不是。皇上怎肯认错？结果当然释放严世蕃，以证明皇帝永远正确。三法司这才恍然大悟，于是胡乱加了一个“私通倭寇”的罪名，就此杀了严世蕃。
但崇祯对于这样性质相同的简单推论，竟是完全不顾。
至于“擅主和议”，也不过是进行和平试探而已，并非“擅缔和约”。袁崇焕提出缔和建议而给朝廷否决，崇祯如果认为他“擅主和议”是过失，当时就应加以惩处，但反而加他太子太保的官衔，自二品官升为从一品，又赐给他蟒袍、玉带和银币。又升又赏，“擅主和议”这件事当然就不算罪行了。这时关外的将吏士民不断到总督孙承宗的衙门去号哭，为袁崇焕呼冤，愿以身代。孙承宗深信袁崇焕是无罪的，极力安抚祖大寿，劝他立功，同时上书崇祯，盼望以祖大寿之功来赎袁崇焕之“过”。崇祯不予理睬。
有一个没有任何功名职位的布衣程本直，在这时候显示了罕有的侠义精神。这样的事，纵然在轻生重义的战国时代，也足以轰传天下。
程本直与袁崇焕素无渊源，曾三次求见都见不着，到后来终于见到了，他对袁钦佩已极，便投在袁部下办事，拜袁为老师。袁被捕后，程本直上书皇帝，列举种种事实，为袁崇焕辩白，请求释放，让他带兵卫国。这道白冤疏写得怨气冲天，最后申请为袁崇焕而死3。崇祯大怒，将他下狱，后来终于将他杀了，完成他的志愿。
大学士韩p是袁崇焕考中进士的主考官，是袁名义上的老师，因此而被迫辞职。御史罗万爵申辩袁崇焕并非叛逆，因而削职下狱。御史毛羽健曾和袁崇焕详细讨论过五年平辽的可能性，因此而罢官充军。
当时朝臣之中，大约七成同情袁崇焕，其余三成则附和皇帝的意思，其中主张杀袁崇焕最力的是首辅温体仁和兵部尚书梁廷栋。
温体仁是浙江乌程（吴兴）人，在《明史》中列于《奸臣传》。他和毛文龙是大同乡，一心要为毛报仇。梁廷栋和袁崇焕是同年，同是万历四十七年的进士，又曾在辽东共事。当时袁崇焕是他上司，得罪过他。他心中记恨，既想报仇，又要讨好皇帝。
崇祯身边掌权的太监，大都在北京城郊有庄园店铺私产，清兵攻到，焚烧劫掠，众太监损失很大，大家都说袁崇焕引敌兵进来。毛文龙在皮岛当东江镇总兵之时，每年饷金数十万，其中一大部分根本不运出北京，便在京城中分给了皇帝身边的用事太监。毛文龙一死，众太监这些大收入都断绝了。此外还有几名御史高捷、袁弘勋、史范土等人，也主张杀袁崇焕，他们却另有私心。当袁崇焕下狱之时，首辅是钱龙锡，他虽曾批评袁崇焕相貌不佳，但一向对袁很支持。高捷等人在天启朝附和魏忠贤。惩办魏忠贤一伙奸党的案子叫做“逆案”，高捷、史等案中有名，只不过罪名不重，还是有官做。钱龙锡是办理“逆案”的主要人物之一。高捷一伙想把袁崇焕这案子搞成一个“新逆案”，把钱龙锡攀进在内。因为袁崇焕曾与钱龙锡商量过杀毛文龙的事，钱并不反对，只劝他慎重处理。“新逆案”一成，把许多大官诬攀在内，老逆案的臭气就可冲淡了。结果新逆案没有搞成，但钱龙锡也丢官下狱，定了死罪，后来减为充军。
满桂部队最初败退到北京时，军纪不佳，在城外扰民，北京百姓不分青红皂白，把罪名都加在袁崇焕头上。
个人的私怨、妒忌、党派冲突、谣言，交织成了一张诬陷的罗网，而最令人感到痛心的，是袁崇焕亲信谢尚政的叛卖。谢尚政是东莞人，武举，袁崇焕第一次到山海关、第一次上奏章就保荐他，说是自己平生所结的“死士”，可见是袁崇焕年轻时就结交的好朋友。他在袁的提拔下升到参将。袁杀毛文龙，就是这个谢参将带兵把毛部士卒隔在围外。兵部尚书梁廷栋总觉得要杀袁没有甚么充分理由，便授意谢尚政诬告，答允他构成袁的罪名之后可以升他为福建总兵。谢尚政利欲熏心，居然就出头诬告这个平生待他恩义最深的主帅。以袁崇焕知人之明，毕竟还是看错了谢尚政。要了解一个人，那是多么的困难！袁崇焕对崇祯的胡涂与奸臣的诬陷，或许并不痛恨，因为崇祯与众奸臣本来就是那样的人，但对于谢尚政的忘恩负义，一定是耿耿于怀吧？或许，他也曾想到了，就算是岳飞，也被部下大将王贵所诬告，因而构成了风波亭之狱。只是王贵诬告，是由于秦桧、张俊的威迫，谢尚政却是受了利诱，比较起来，谢尚政又卑鄙些。可是谢尚政枉作小人，他的总兵梦并没有做成，不久梁廷栋以贪污罪垮台，查到谢尚政是贿赂者之一，谢也因此革职。
袁崇焕的罪名终于确定了，是胡里胡涂的所谓“谋叛”。崇祯始终没有叫杨太监出来作证。擅杀毛文龙和擅主和议两件事理由太不充分，崇祯无论如何难以自圆其说，终于也不提了。本来定的处刑是“夷三族”，要将袁崇焕全家、母亲的全家、妻子的全家都满门抄斩。余大成去威吓主理这个案子的兵部尚书梁廷栋：“袁崇焕并非真的有罪，只不过清兵围城，皇上震怒。我在兵部做郎中，已换了六位尚书，亲眼见到没一个尚书有好下场。你做兵部尚书，怎能保得定今后清兵不再来犯？今日诛灭袁崇焕三族，造成了先例，清兵若是再来，梁尚书，你顾一下自己的三族罢。”
梁廷栋给这番话吓怕了，于是和温体仁商议设法减轻处刑，改为袁崇焕凌迟，七十几岁的母亲、弟弟、妻子，几岁的小女儿充军三千里。母家、妻家的人就不牵累了4。
“凌迟”规定要割一千刀，要到第一千刀上才能将人杀死，否则刽子手有罪，那就是所谓“千刀万剐”。所以骂人“杀千刀”是最恶毒的咒骂。
袁崇焕被绑上刑场，刽子手还没有动手，北京的众百姓就扑上去抢着咬他的肉，直咬到了内脏。刽子手依照规定，一刀刀的将他身上肌肉割下来。众百姓围在旁边，纷纷叫骂，出钱买他的肉，一钱银子只能买到一片，买到后咬一口，骂一声：“汉奸！”5
因为北京城的百姓认定，去年清兵围城是他故意引来的。很难说这样的谣言从何而来，是痛恨袁崇焕的大臣与太监们散播出去的？还是一般群众天生的喜欢听信谣言？又或许，受到了重大惊恐和损失的北京百姓需要一个发泄的对象？
从长远来说，人民的眼睛确是雪亮的，然而当他们受到欺蒙之时，盲目而冲动的群众，可以和暴君一样的胡涂，一样的残酷。但隔得远了一些，自己的生命财产并不受到直接的影响时，人们就可以冷静地思考了，所以除了北京城里一批受了欺骗的百姓，天下都知道袁崇焕是冤枉的，连朝鲜的君臣百姓也知道他的冤枉，为他的被害感到不平6。
袁崇焕死后，骸骨弃在地下，无人敢去收葬。他有一个姓余的仆人，顺德马江人，半夜里去偷了骸骨，收葬在广渠门内的广东义园。隔一道城墙，广渠门外的一片广场之上、城壕之中，便是八个半月之前袁崇焕率领将士大呼酣战的地方。他拚了性命击退来犯的十倍敌军，保卫了皇帝和北京城中百姓的性命。皇帝和北京城的百姓则将他割成了碎块。
那姓余的义仆终身守墓不去，死后就葬在袁墓之旁。非常奇怪的是，余君的子孙世世代代都在袁崇焕墓旁看守。直到民国五年，看守袁墓的仍是余君的子孙，他们说是为了遵守祖宗的遗训7。
程本直、余仆的行为表现了人性中高贵的一面。谢尚政的行为表现了人性中卑劣的一面。袁崇焕的死法，却又显示了群众在受到宣传的愚弄、失却了理性之后，会变得如何狂暴可怖。袁崇焕是一团火一样的人，在他周围，燃烧的是高贵的火焰、邪恶的火焰、狂暴的火焰。这些火焰就像他本人灵魂中的火焰那样，都是猛烈地闪亮的。
袁崇焕死后，旧部祖大寿、何可纲率军驻守锦州、宁远、大凌河要塞，清军始终不能越雷池一步。崇祯四年八月，皇太极以倾国之师，在大凌河将祖大寿紧紧包围，十月间祖大寿不支投降。副将何可纲不降，被杀。祖大寿骗皇太极说可为满清去取锦州，但一到锦州，立即就守城，此后皇太极派大将几次进攻都打不下来。皇太极两次御驾亲征，攻锦州、攻宁远，都无功而退。直到崇祯十四年三月，清兵大军再围锦州，整整围攻一年，到第二年三月，先击溃了洪承畴十四万大军，祖大寿粮尽援绝，又再投降。祖大寿到顺治十三年才死，始终不曾为满清打过一仗，大概是学了《三国演义》中“身在曹营心在汉”的宗旨，满清也没有封他甚么官。比之满桂、赵率教、何可纲、孙祖寿等人，祖大寿有所不如，但比之其余的降清大将却又远胜了。
吴三桂是祖大寿的外甥。吴的父亲吴襄曾做宁远总兵，和祖大寿是关辽军中同袍，都是袁崇焕的部属。当明清之际，汉人的统兵大将十之七八是关辽一系的部队。吴三桂、孔有德、耿仲明、尚可喜、左良玉、曹文诏、曹变蛟、黄得功、刘泽清等都是。这些人有的投降满清，有的为明朝战死，都是极有将才之人，麾下都是悍卒健士。袁崇焕若是不死而统率这一批精兵猛将，军事局面当然完全不同了。吴三桂如是袁崇焕的部将，最多不过是“抱头痛哭为红颜”而已，根本没有机会让他“冲冠一怒”，为了陈圆圆而引清兵入关。
袁崇焕无罪被杀，对于明朝整个军队士气打击非常沉重。从那时开始，明朝才有整个部队向满清投降的事。更有人带了西洋大炮过去，满清开始自行铸炮。辽东将士都说：“袁督师这样忠勇，还不能免，我们在这里又干甚么？”8降清的将士写信给明将，总是指责明朝昏君奸臣陷害忠良9。
袁崇焕不是高瞻百世的哲人，不是精明能干的政治家，甚至以严格的军事观点来看，他也不是韩信、岳飞、徐达那样善于用兵的大军事家。他行事操切，性格中有重大缺点，然而他凭着永不衰竭的热诚，一往无前的豪情，激励了所有的将士，将他的英雄气概带到了每一个部属身上。他是一团熊熊烈火，把部属身上的血都烧热了，将一群萎靡不振的残兵败将，烧炼成了一支死战不屈的精锐之师。他的知己程本直称他是“痴心人”，是“泼胆汉”，全国惟一肯担当责任的好汉bc。袁崇焕却自称是大明国里的一个亡命徒bd。亡命徒是没有家庭幸福的，日日夜夜不得平安。官居一品，过的却是亡命徒生涯，只因这十年之中，他生命之火在不断的猛烈燃烧。司马迁在《留侯世家》中说，本来以为张良的相貌一定魁梧奇伟，但见到他的图形，容貌却如美女一般。我们看到袁崇焕的遗像时，恐怕也会有这样的感觉。图像中的袁崇焕虽不怎样俊美，但洵洵儒雅，很难想像这样的一个人竟会如此刚强侠烈。
1钱家修《白冤疏》：“嗟嗟！锦衣何地？奸细何人？竟袖手而七人竟走耶？抑七人俱有翼而能上飞耶？总欲杀一崇焕，故不惜互为陷阱。”其中又说：“方天启年间，诸阳失卫，山海孤寒。当此时谁能生死忘心，身家不顾？独崇焕以八闽小吏，报效而东，履历风霜，备尝险阻，上无父母，下乏妻孥，夜静胡笳，征人泪落。焕独何心，亦堪此哉？毋亦君父之难，有不得不然者耳。”崇祯批答：“批览卿奏，具见忠爱。袁崇焕鞫问明白，即着前去边塞立功，另议擢用。”
2袁崇焕下狱后，毛文龙的朋友乘机要求为毛翻案，请求赐讠盒抚恤。崇祯不准，说毛之死是“罪有应得”，不准以袁崇焕为借口而翻案。见程本直：《漩声》。
3程本直《白冤疏》中说：“总之，崇焕恃恩太过，任事太烦，而抱心太热，平日任劳任怨，既所不辞，今日来谤来疑，宜其自取。独念崇焕就执，将士惊惶，彻夜号啼，莫知所处，而城头炮石，乱打多兵，骂詈之言，骇人听闻，遂以万余精锐，一溃而散。”最后说：“臣于崇焕，门生也。生平意气豪杰相许。崇焕冤死，义不独生。伏乞皇上骈收臣于狱，俾与崇焕骈斩于市。崇焕为封疆社稷臣，不失忠。臣为义气纲常士，不失义。臣与崇焕虽蒙冤地下，含笑有余荣矣。”
4朝廷抄袁崇焕的家，家里穷得很，没有丝毫多余的财产。他在辽西的家属充军到浙江，后来改充军到贵州，在广东东莞的充军到福建。《明史》说袁崇焕没有子孙。近人叶恭绰则说：“袁后裔不知以何缘入黑龙江汉军旗籍。”当时满清掳掠大量汉人至辽东为奴，我猜想袁崇焕的子孙多半是给满清掳掠了去，到黑龙江苦寒之地作农奴，因而编入汉军旗籍。袁崇焕的冤狱，到清朝乾隆年间方才得以真相大白。《明史》完成于乾隆四年七月，其中《袁崇焕传》中，根据清方的档案纪录，直言皇太极如何用反间计的经过。乾隆皇帝隔了几十年，才读到《明史》中关于袁崇焕的记载，对袁的遭遇很是同情，下旨查察袁崇焕有无子孙，结果查到只有旁系的远房子孙，乾隆便封了他们一些小官，那已是乾隆四十八年的事了。
5见《明季北略》。
6清人所修的《明史·袁崇焕传》说：“遂磔崇焕于市……天下冤之。”朝鲜《仁祖实录》八年二月丁丑载：朝鲜的使者朴兰英到沈阳，满清的王公当着他面互相“耳语”，说袁经略果然和我们同心，只可惜事情败露而被逮捕。这样的国家机密，怎会当着外国使臣的面而互相耳语，故意让他听到？朴兰英明白他们的用意，只不过想借他而传言到明朝去，以便尽快杀了袁崇焕，所以他在给朝鲜国王的奏章中说：“此必行间之言也。”直到一百年之后，朝鲜的君臣们在讨论明朝覆亡的原因时，还说主要原因是杀袁崇焕（见朝鲜《英宗实录》六年十一月辛未，即雍正八年，公元一七三○年）。
7民国五年，东莞人张伯桢的儿子死了，他佩服袁崇焕，将儿子葬在袁墓的旁边。当时看守袁墓的仍是佘氏子孙，叫做余淇。张伯桢为袁崇焕的义仆也立了碑。
8杨士聪《五堂荟记》卷二：“袁既被执，辽东兵溃数多，皆言：‘以督师之忠，尚不能自免，我辈在此何为？’……封疆之事，自此不可问矣。”《明史·袁崇焕传》：“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”
9《明清史料》丙编，辽将自称“在此立功何用”，故“北去胡”而投降满清，其中有人致书旅顺明将：“南朝主昏臣奸，陷害忠良。”
bc程本直《漩声》：“掀翻两直隶，踏遍一十三省，求其浑身担荷、彻里承当如袁公者，正恐不可再得也。此所以袁公值得程本直一死也。”
bd程本直《漩声》中引袁崇焕的话说：“子何人哉？十年以来，父母不得以为子，妻孥不得以为夫，手足不得以为兄弟，交游不得以为朋友，予何人哉？直谓之曰：‘大明国里一亡命之徒也’可也。”