褚遂良被贬爱州，担心再被陷害，于是给李治上奏章说：
“以前李泰和原太子李承乾争夺太子位时，我不顾个人生死，归心陛下您。
当时岑文本、刘洎对先帝说了李承乾的累累恶行，向先帝请求立李泰为太子。
我又据理力争，坚持立您为太子，这些都是陛下亲眼所见。
我始终和长孙无忌等四位朝廷重臣，力主确立您的太子地位。
先帝临终之时，只有我和长孙无忌共同接受遗诏。
陛下在先帝去世的时刻，不胜哀痛，没法理政。
我与长孙无忌处理内外事务，没有发生失误。那些日子里，内政外事都平平安安，皇位过渡顺利进行。
我的能力不足，承担责任很重，一不小心就犯下了过错。
我的残年也没有多久了，还望陛下能够垂怜。”
李治害怕得罪武皇后，尽管褚遂良写得情真意切，看完奏章还是搁置一边，不再理睬。
褚遂良忧郁成疾，很快就死去了。
武皇后得知褚遂良病死，还没来得及罗织罪名加害，深感遗憾。
随后武皇后让李治升任许敬宗为中书令， 武皇后暗嘱许敬宗从速罗织罪名，诬陷长孙无忌等人。
许敬宗多方找机会，一时找不到借口。
这时洛阳人李奉节，奏告李治说：
“太子洗马韦季方，和监察御史李巢，结交权贵、共结朋党，应该严厉惩罚。”
李治诏令许敬宗审理这个案子。
许敬宗给韦季方动刑逼迫，逼问韦季方：
“你是怎么和长孙无忌共谋造反的？”
韦季方说：
“我和长孙无忌没有联系！我也从未谋反，纯属被诬告陷害！
你酷刑逼供，草菅人命！
我死也就算了，您还逼迫我诬陷长孙太尉，你这个狠毒奸臣！
我只求速死！”
审讯结束后，料定不逼迫牵连上长孙无忌，许敬宗不会罢休，韦季方猛地往墙上撞去，撞得头破血流，满脸是血。
韦季方后悔力量不够，没能一下撞死，奄奄一息地躺在牢里，等待死去。
许敬宗对李治说：
“韦季方勾连长孙无忌，打算谋反，因为事情败露。所以在监狱用头撞墙，他情急之下只求速死。”
高宗李治震惊地说：
“哪有这样的事？我舅舅被小人挑拨离间，心里对我有猜疑是可能的，怎么至于到谋反这一步呢？”
许敬宗说：
“我反复研究推断，他们造反的形迹已经很明显了，陛下对此还在怀疑真假，这恐怕会演变成国家的灾难。”
李治流着眼泪说：
“我们家真是不幸，怎么亲戚老是谋反呢？
往年高阳公主和房遗爱谋反，现在我舅舅又谋反。
如果这件事真实，我们该怎么处理？”
许敬宗说：
“房遗爱是个奶腥味还没退去的小青年，他和一个女子谋反，怎么能成事？
长孙无忌和先帝共同打下的天下，天下人都佩服他的智慧才能。
他身为宰相三十年，天下人都威服他。
一旦他要起兵，他挥舞衣袖一声呼喊，万贼云集响应，陛下你能派谁去征讨抵挡呢？
如今幸亏苍天也恨邪恶，宗庙有灵，一个区区小案，得以牵连出这个大奸大恶，我们还可能事先防备，避免酿成大患。”
李治慢慢地说：
“等审理罪证确实，再做决定。”
许敬宗这一天晚上并没有再审韦季方。
到了第二天上朝，许敬宗对李治说：
“昨天晚上我已审过韦季方，他供认了和长孙无忌谋反是事实。
我反问他说：长孙无忌是皇室至亲，受到皇上信任重用，为何还对当今天子怀恨谋反？
韦季方说：长孙无忌曾劝立梁王李愔为太子，韩瑷、褚遂良等，一起参与商议。
如今韩瑷、褚遂良都已受到惩罚，梁王李愔又被废，长孙无忌内心不安，所以和韦季方谋反。
事出有因，并没有冤枉诬陷他，请求陛下降旨逮捕长孙无忌处斩，千万别迟疑。”
李治说：
“我舅舅果真要谋反，我也不忍心杀他。”
许敬宗又说：
“汉文帝的舅舅薄昭杀了人，汉文帝为了不让法律蒙羞，逼薄昭自杀。
后世的仍称赞汉文帝是贤明皇帝。
如今长孙无忌谋反，要改朝换代，罪行比薄昭大多少倍，按律应诛杀五族。
我听说当断不断，反受其乱，长孙无忌是王莽、司马懿那样的大奸大恶，如今他的阴谋已经暴露了。
陛下为何迟疑不决呢？我担心这样拖延下去，一旦生变生乱，后悔无及了。”
李治听了点点头，自始至终没有同长孙无忌当面对质，也没有到大理寺亲审韦季方。
竟下诏令免去长孙无忌官爵，以扬州都督一品官的俸禄，软禁长孙无忌于黔州。同时诏令处斩韦季方。
许敬宗又奏道：
“长孙无忌谋反，褚遂良韩瑷、柳奭等是同党。
于志宁也是他的同党，请求一起问罪。”
在更换皇后时，于志宁没有阻止，也不赞成，因此武皇后也怀恨他，嘱许敬宗把他也陷害上。
随后李治又吩咐彻查此案，命御史抓捕韩瑷、柳奭，用囚车押送长安。
且诏令李绩、许敬宗复查长孙无忌谋反案。
许敬宗派中书舍人袁公瑜，传旨到黔州，逼着长孙无忌自杀。
长孙无忌大骂：
“许敬宗、李义府、袁公瑜你们这帮奸臣，祸乱朝廷，大唐基业要毁在你们手里！”
袁公瑜说：
“长孙大人真没想明白么？
先帝让你和褚遂良担任顾命大臣，你因此权倾朝野。你的权利比当今皇上都大，尚书省、门下省都是你说了算。
你一人主审房遗爱谋反案，你冤枉牵连了多少忠良？你想整谁就整谁！
皇上当时都不敢管你，那时候谁来监督你？
李恪、李道宗、执失思力，都被你整死的整死，贬逐的贬逐，你祸害了多少好人？
你想想，陛下为什么不想亲自查问你谋反真假？他是不是恨透了你得势妄为、把持朝政？不只是皇后要整你！当今陛下才是恨不得你倒台的人！
你不死，我们这帮奸臣也心神不安，既然把你整你成这样了，你不死，我们不放心。
为了赏你全尸，我给你准备一仗长帛，我守着看着你把自己勒死，我才放心。这就是我来见你的目的。快点自缢吧。”
长孙无忌说：
“我如今虎落平阳被一群恶狗撕咬。
创立大唐基业，你们未立寸功，祸乱朝廷，有你们这帮恶奴横行！你们都不会有好下场！
拿布帛来！我死后化为厉鬼，不会放过你们这帮奸人恶奴！”
随后，长孙无忌把布帛搭上房梁，在袁公瑜监督下，上吊把自己勒死。
袁公瑜自己编造长孙无忌供状，回奏李治。
供状中牵连好多人，引得李治不能不愤怒。诏令把长孙无忌的兄弟、儿子、侄子，无论远近，全部处死。
只剩长孙无忌的大儿子长孙冲，娶了李世民的女儿长乐公主，总算加恩免死，流放岭南。
诏令流放褚遂良儿子褚彦甫、褚彦冲到爱州，流放到半途，就被许敬宗派人杀死。
再令将柳奭、韩瑷等人，斩首立决。韩瑷已死，开棺验尸。
柳奭已被贬到象州，由朝廷使者宣读圣旨，执行死刑。
长孙无忌、李瑷、柳奭三家财产，都被没收充归国库。
远近亲戚，都发配岭南，降为奴婢。
高士廉的儿子高履行，本任益州刺史，也说他和长子无忌是同党，贬为永州刺史。
于志宁也贬为荥州刺史。
所有武皇后平时不见前来依附投靠的朝臣，一网打尽。
老练世故，曾名列凌烟阁之上，只有李绩一人，依附武皇后，担任重要官职和往常一样。
尉迟敬德，程咬金、多亏先后辞官免官，没有被牵连进去。
梁王李忠不能没有嫌疑，被牵连贬为房州刺史。
李忠惶惶不可终日，时刻担心灾祸临头，害怕被人暗杀，晚上穿上女人衣服睡觉。
李忠时时防备刺客，夜间吓得不敢入睡，偶然睡着常做恶梦惊醒。他多次请会算卦的人解梦，卜算吉凶。
许敬宗捕风提影、又诬告李忠谋反。再加上武皇后在李治耳边撺掇，李治下诏把李忠废为庶人。
令李忠搬家到黔州，软禁在李承乾被废时住过的破旧小宅院里。
长孙无忌冤案，后人认为李治昏庸懦弱造成的。
他对许敬宗说话半信不疑，他只需当面和长孙无忌当面对质，或者亲自审问韦季方，就能发现许敬宗是凭空诬陷。
可他连和舅舅长孙无忌当面对质的勇气都没有。
有人认为李治不肯当面质问长孙无忌，因为他不确定长孙无忌谋反真假，万一长孙无忌真谋反，召他问话会打草惊蛇，触发真反叛。
还有一种可能，李治并不昏庸懦弱，他只是本心不想查清长孙无忌谋反真假。
他早就想借武皇后和奸臣许敬宗的手，除掉长孙无忌。
如果是这样，李治在许敬宗面前流泪哭泣，都是他在表演。