官文请求耆龄发放军饷，让他转移镇守的地方。
当时曾国藩侍郎办理福建省的军务，将要从杉关进入邵武，然而军士中患病的达三千多人。
福建省的顺昌、将乐，汀州也渐渐肃清了敌寇，因此官文又上奏请求让侍郎办理安徽省的军务，并说巡抚胡林翼在十月二十五日葬送亲人以后，不可以仍然拘泥于假期未结束而不去赴任。
但胡林翼原本打算假期满后请求继续休假，来坚守自己初时的心志。然而皇帝的命令紧急，有“现在军务紧急，你不要太过拘泥于丧期未过而贻误了战机”的话。
胡林翼不得已，“哭泣着接受命令”，于是在十一月十二日在益阳本籍起程，十一月三十日抵达湖北。
胡林翼在十一月十二日上奏说：“身经百战之后，一旦失败，军心已经受到了极大的打击。
不仅眼下的形势已经到了不可收拾的地步，而且恐怕伤员太多，不是短时间内可以重新振作起来的。
以我的才能和力量怎么能补救得了呢，我现在仍然在湖南招募士兵，来为以后做打算。
我的葬祭之事还没有完全结束，请皇大大人您等候一下等军务完毕后再行陈述清楚。”
十月十四日，官文用快递向都将军发文，趁着夜色撤退各个营地，从石牌退到扎宿松。
不久之后李续宜、成大吉、舒保等人先后到达，军队的气势才开始壮起来。
于是他们在黄泥港开始迎击敌人，杀死敌人数千。
又在王家畈进行剿敌，平定了三十多个营地，斩杀敌人数千，俘虏五百多人。
余际昌、唐训方又在南阳河、弥陀寺大败敌军，追杀了三十多里。都将军又在花凉亭打败了敌军。
各军丧失了主将，就退驻到枫香驿、莲花塘，又到达太湖和东岸的龙山宫。
荆桥的敌军先到芬茅岭又退到石牌，聚合下游的敌军，增修堡垒；另一股敌军越过潜山向天堂进发，从黄沙岭侵犯英、霍两县的东岭；又一股敌军向五河进发，从隘口进犯英山夹铺。
都兴阿将军派遣唐训方、阿达前往陈德园阻击；派遣余际昌进驻大畈河，扼守从潜山到英山的道路；派遣蒋凝学进驻荆桥，牵制石牌敌军的势力。
十二月初七，多隆阿翼长把军营搬到了二十五里墩，白莲花塘进攻太湖，鲍超的军队从二郎河进攻。
当时将军因为脚伤请了一个月的假，在宿松治疗，前线事务交给了多隆阿翼长负责，楚地局势逐渐稳定。
胜保招募的川、楚士兵两千五百名已经从寿州出发。
胡林翼在十一月三十日抵达鄂，没有进入抚署，而是住在贡院，与多隆阿翼长商量军事事务以及处理违纪将士。
接着，胡林翼在十二月初八前往黄州，整顿散兵，安抚伤亡将士，训练新兵，严格纪律，为将来做准备。
十二月初二，胡林翼指示总兵普承尧驻扎九江。
胡林翼认为应该驻扎在彭泽、湖口。
初四，胡林翼公告诉黄冈县令薛元启威：“按粮捐输，实际上就是亩费的别名，势必会让大户、大绅因为带兵而得利，而小户、穷民会先遭受损失，所以不应该讨论。”
胡林翼告诉罗登汝：“治理人民就像医生治病，脉象不清晰，即使每天吃很多药，对病也没有好处。
湖北省的钱粮问题在于土地亩数和欺瞒隐匿，不认真处理这个问题，即使路上官员很多，实际上对解决问题也没有帮助。
俗话说：‘提起一个纲领，所有的眼睛都睁开；确立一个根本，所有的事情都变得有条理。’
在实地勘察和征收方面，请深思熟虑并妥善筹划。
十二月十一日，胡林翼奏报查明赠总督巡抚衔、浙江布政使李忠武公的阵亡情况，并参阅了临阵脱逃的李续焘、彭祥瑞，不战自退的谢永枯，不援不守的赵克彰，临阵先败的张养吾、张嵩龄，以及不力战而失营的李运、朱希广，彭祥瑞已被处死。”
十八，胡林翼对施南府说：“官府的小问题，对百姓来说都是大事，别让文书差役隐瞒。把小问题积累成大冤屈，这是官员要随时尽心尽力解决的。”
十四，胡林翼对总兵普承尧说：“你的总兵勇敢不真实，军纪不严，只关心增加士兵，不知道选拔将领，这实在是个陋习。帮忙的普承忠更是骄傲胆小，性格荒唐，你要严格管束他。”
二十六，胡林翼报告五卯捐米（从八年九月十一日开始到十一月初十日结束），总共收到正米7782石1斗9升，耗米1172石1斗9升，正谷5997石2斗4升，耗谷900石2斗4升。运输费用银3783两3钱5分（其中第四卯从八年四月十一日开始到九月初十日结束，总共收到捐正米1411石8斗4升，耗米211石8斗4升，正谷石8斗，耗谷4568石8斗。运输费用银5748两1钱6分）。
在九年（维协洽之岁）正月初二，胡林翼告诉罗田礼中营的姚主事：“仔细侦查贼人的行踪，看看他们是否已经进入英、霍、罗、商等地，每天向我汇报一次，不要耽误时机。
这个地方哪些地方是防守的要点，松子关（八年贼人入侵的地方）是最关键的地方吗？
滕家堡需要多少人来防守？
请在三、四天内回复。
另外，胡林翼也告诉罗田令：州县里的摊派已经长期禁止。铺站工食灯油等费用很少，却请求摊派，这实在是卑鄙的行为。
这些摊派一律取消。
初五，胡林翼告诉江陵令：这个令也是俗吏，只会装模作样。你对待这些俗气和虚伪的习气，已经病入膏肓，无法改变。
你应该从国计民生的角度去体察和思考，竭尽自己的忠诚，以期望弥补。”
在初九，胡林翼告诉新罗田的潘令：“这个地方风俗节俭，百姓勤奋耕作，这已经是为政的根本。
我们读书做官的人，应该先清除俗肠，洗刷俗眼，才能自立有为。
忠诚、信任、明辨是非是为政的根本，希望你能努力做到。
十七，胡林翼告诉唐粮道训方：如果你能向太湖逼近，兵力就会更加强大，策应也会更加灵活。
但是攻城不是好办法，逼近城池筑垒也不是好办法，只有诱使敌人出战。多杀敌人，敌人的气势就会被削弱，敌人的气势被削弱，城池就可以攻下了。”
胡林翼公又说：“官军每次在晚上进攻，用尽全力仰攻，但没能成功，士气已经耗尽，伤亡很多。
贼人乘机找到空隙进攻。
于是我们疲惫，贼人则精力充沛，所以战败，这是攻城的失误。在城外建立营垒，需要提防援军从后面和侧面包抄过来，所以这也不是好办法。