李明勋是不是开导自己，西蒙斯等人不太清楚，但是最终东南变乱却是戏剧性收场的，按照安全局的情报，在沈廷扬原封不动传达了李明勋的话后，郑成功气急败坏，但是这个识时务的国姓爷可不敢挑衅李明勋亲手制定的规则，因此只得按照命令，交出金、厦二岛。
郑成功一面派人悄悄联络施琅军中的监军和周氏兄弟，一面派遣大军南下金夏清剿叛逆，可最终的结局是，施琅杀了郑成功的监军，直接向漳、泉一带的满清军队投降，引满清军入厦门、金门，幸好岛上的守军多与满清有血海深仇，而短短一个月的时间，施琅也没有掌握这支军队，在周瑞兄弟的率领下守军竭力对抗，只是福建沿海，水师以施琅部为首，金夏守军只得固守，而郑成功率水师来援，最终结局也只是撤出岛上军民，返回了舟山，金、厦二岛落入了满清手中。
毫无疑问的是，郑成功要为金、厦二岛的失陷负责，因为他根本没有为这二岛与清军死战的计划，郑成功知道，守住二岛最终也是要交给郑彩，这种没好处的事他可不会去做。
施琅的叛变让东南变乱戛然而止，金夏易手的责任再难怪罪到郑成功的头上，在郑成功的宣传里，施琅本就是叛逆小人，蒙蔽了国姓爷，早前就可能投靠了满清，借助南下金夏的机会，故意火并，意图挑起国姓与郑藩、合众国的内战，其心可诛，国姓更是公告天下，必要诛杀此獠。
东南变乱导致合众国的东南藩镇盟友的地位变的岌岌可危，舟山藩镇此刻有陆师没有水师，而郑藩有水师没有陆师，虽然郑彩提议舟山各藩镇一起出兵收复金、厦，日后共享福建沿海，但是被舟山藩镇拒绝了，郑成功铁血专权，郑彩心胸狭隘，都是容不得人的，这些军阀不想在这二人下听令，自然也不会帮助郑藩，一时间，这群盟友没了根据之地，只能等着两广会战后，听李明勋安排了。
两广会战从永历七年的十月中旬一直打到了永历八年的二月上旬，一开始胜利的进军在东南乱起之后戛然而止，毕竟有三万盟军因为东南变乱而无心作战，虽然他们不承担主要作战任务，但老家失陷让军心大损，在很长一段时间里，清军与盟军在深圳大营鏖战不休，双方谁也奈何不了谁。
而这段时间也给了合众国集结兵力的时间，当舟山的消息传到香港，李明勋的第一道命令就是坚持收复两广的政策不动摇，他深刻的意识到，合众国还不具备同时解决两广和东南沿海两场战争的能力，两头顾及，两头可能都不讨好，与那些只顾着走私赚钱的东南藩镇相比，夺取两广培养琼藩和晋藩两大盟友更具有价值。
在三个月的时间里，李明勋从调来北洋战区陆军第二师的一个步兵旅和一个骑兵团，加强两广战场，并且把刚刚完成整编的陆战队第一旅从台湾调集到两广，如此，盟军又相当于多了一个陆军师的兵力，大规模的进攻从二月中旬开始，李明勋誓言要在广东湿热的夏季到来之前结束主要战事，这样可保证秋季稻可以顺利播种产出，今年琼、晋二藩可以顺利收到秋税。
盟军曾经试图阻止混编步队一点点的啃下深圳大营，披了两层甲的西营老兵，手持手榴弹和手枪的掷弹兵，懂的爆破、格斗和枪法的战斗工兵，另有轻榴弹炮和猎兵的支援，这样的进攻步队在清扫战壕的过程中发挥了重要作用，在堑壕战中，双方的伤亡比率一直在六比一以上，但实际上，并不超过三比一。
堑壕战开始之后，临时制造的爆炸物、铁蒺藜、毒烟弹和竹签子，一系列恶毒的陷阱设置在了清军壕沟之中，从战场上下来的士兵饱受毒烟弹里的巴豆、砒霜，竹签子、铁蒺藜上沾染的马粪马尿和被铁钉、碎石撕开伤口的伤害，许多人因为内伤、外伤死在了后方野战医院的帐篷里，堑壕战形成了以命换命的局面，当清军把绿营兵和民夫顶在前面的时候，李明勋和李定国知道，这种战争要停止了。
堑壕战结束，想要改变两广会战的面貌，就要开战登陆作战，一把利刃直刺满清心脏，这也是两广会战的备用计划，负责此次计划的是陆战队司令乌穆，他指挥一支战列舰分队，陆战队第一旅和南方战区水师，琼藩水师黄蜚部和郑藩水师予以配合，而他们的对手有清军平藩麾下南头总兵许龙部，和广东水师总兵张国勋部。
与原本的历史不同，广东海域因为合众国的介入一向平静，从沈犹龙时代起，合众国就致力于在清剿珠三角的水贼、海匪，这一行动在李成栋入主广东时候达到了高潮，后李成栋反正，双方都是没有停下，等到平、靖二藩进入广东时，已经没有多少海贼投靠其作为水师了，许龙算是‘硕果仅存’的广东海盗之一，投了尚可喜成为了南头总兵，驻扎深圳河以北的新安一带，也合众国水师交战不断，但两广会战一开始，便是去了虎门做缩头乌龟，与广东水师总兵张国勋抱团取暖。
尚可喜与耿继茂掌握广东，知道合众国水师的厉害，又苦于自己水师不强，因此在珠江航道大修炮台工事，珠三角深处以海珠石、海印石炮台为主，两座炮台夹击航道，封锁珠江，保护广州雄城，而外围的防御则只到虎门一带，出了虎门，便是宽阔的伶仃洋，是用炮台守不住的。
珠江口是中国为数不多的航运便利区，但那是对于小帆船或者桨帆船来说，对于动辄几百上千吨的大海船来说，珠江航道一点不友好，即便是珠江口的伶仃洋，长久以来，也只有夏季三四个月的西南季风期才能进入，这也是葡萄牙人选择澳门，而不是航道更深处据点的原因，澳门虽然淤积严重，但好歹处于外围，西南与东北季风季都有进出的时间窗口，但虎门就不同了，如果是葡萄牙人或者其他什么势力攻打虎门，也只能是六月到八月之间进行，否则光是在珠江航道上就能撞个头破血流。
合众国不同，自从香港开埠之后，就没有停止过对于珠江航道的勘探和记录，香港港开埠，大吨位的商船都是要通过划桨船的拖拽进入商港，现如今，几乎可以自由通行了。
东北季风盛行，进入珠江口不能走主航道，而是要走担干-大屿山航道，风向东北偏北，涨潮时分，舰队旗舰青龙号驶入了担干水道，这是海军熟悉的水道，顺风换舷之后，于一日之后进入伶仃岛一带躲避夜里凛冽的海风，此番出征虎门，共有战列舰两艘，加莱赛和加列桨帆战舰二十四艘，其余都是武装运输船，陆战队乘坐的是戗风能力更好的亚哈特船，而明军各藩水师就各有不同了，沙船、广船和亚哈特船齐备，而到了香港海域，会有属于郑藩、琼藩和南方战区的舰队加入，多是快蟹、长龙和舢板这类小船，在伶仃洋里，这些小船才是攻防的主力。
在经过深圳河口的新安县的时候，由战列舰青龙号和吕宋号，加莱赛桨帆战舰响尾蛇、蝮蛇、眼镜蛇、五步蛇共四艘船组成的炮击舰队袭击了当地的南头水师营，南头水师营驻扎在东莞千户所城，其实就是新安县城，当然，水师营的大部分舰船和官兵已经去了虎门，留在此地是协助定藩守军，广西提督线国安驻扎此地，新安一带有定藩麾下藩下兵、绿营一万三千余，防备的就是合众国登陆，而炮击舰队也炮击水师营，也是为了让清军以为合众国军会在此地登陆。
炮击从下午开始，一直持续到了晚上，期间发起了一次佯装登陆，将县城里的清军骗出了城，战列舰火炮甲板上的二十四磅和三十二磅火炮使用全威力药包开火，让清军体验了一把什么叫做海军重炮。
炮击结束后，趁夜舰队继续北上，夜幕之中，清军没有看到规模庞大的登陆舰队，线国安向深圳大营的博洛报捷，称击退岛夷登陆，斩首十余，然后把残留的水师营士兵砍了十几个送去了博洛营中。
一直到桨帆舰队突袭了虎门广东水师营和南头水师营的水师战船之后，清军上下才知道，盟军此次目标是虎门。
虎门海防体系是尚可喜请了洋夷打造的，大部分是澳门的葡萄牙人，葡萄牙人在这场战争中两面讨好，官方为平、靖二藩操持走私和海贸，也曾为永历政权招募兵马，晋藩麾下有一支华人营，称为费雷拉营，便是当初澳门为永历政权招募的，起先归瞿式耜指挥，瞿式耜死后，辗转落入了李定国手中，也是李定国麾下唯一一个纯火器营，费雷拉只是叫了个葡萄牙名字，实际上是信奉了天主教的华人。
虎门总口在冬季枯水季也有近十里宽，清军在虎门总口两侧修筑有大角和沙角两座炮台，大角在航道之西，沙角在东，虽然装配了铸造的红夷大炮，有些甚至达到了五六千斤，但有效射程都不会超过三里，所以无法封锁航道，这两座炮台也只是为了预警和前期拖延时间，预警却是达到了，但拖延时间没有，海军对这里的情报很全面，战列舰分队、桨帆舰队和内河舰队依次通过虎门总口，而由郑藩出击占领了两处炮台，大角炮台占领后，直接被炸毁，只是在沙角炮台留了上千兵马防备后路。
两处炮台的战斗还没有结束，海军就触碰到了清军虎门防御体系的主要据点——上下横档岛，这是珠江主航道中央的岛屿，距离东西岸都不足一千五百米，上横档岛上的横档山修筑有炮垒，而山下还要棱堡炮台，负责封锁全航道，而下横档山修筑的工事是为上横档山主要塞做掩护的，这套防御体系有大小火炮七十二门，用来封锁航道的多是重炮。
虎门城则在航道东侧的岛屿上，东西各有一座炮台，东西各有一座炮台协防，再往深处的狮子洋则有航道中的大虎炮台，只是其位置偏远，无法和前面的炮台相互配合，除了炮台之外，清军还用铁锁横江，尤其是横档与虎门之间的主航道，那道铁锁长达两千米，锁扣用直径三厘米粗的精铁条锻造而成，整条铁锁像小孩儿的大腿粗细，极难破坏。
这套防御体系所有炮加起来超过了两百门，其中重炮是本地自己铸造，用于防备登陆的轻炮则走私自荷兰、英国和佛郎机，然而这套体系并非没有缺点，其中最大的了漏洞还是在于航道之中的横江铁锁，这道铁锁可以让盟军大船无法逆流北上，也组织了清军水师南下支援。
这导致，下横档岛和威远炮台只能凭借自己的力量应对了。
下横档岛上没有海防炮台，只有应对步兵的小炮，战列舰直逼下横档岛，而陆战队则在岛屿西侧展开，西侧的航道较浅，冬季水位低，所以铁锁的威力更大，导致除了舢板之外，根本不能通行，战列舰在这里展开，可以避免遭遇清军水师，也避开了上横档岛的炮台。
陆战队派遣了两个连进攻，掩护的火炮却多大一百二十门，相当于三个人就得到两门火炮掩护，下横档岛上的守军是广东水师绿营四百多人，还有十几个汉藩兵监军，岛上那些土木工事根本挡不住重炮，在炮击中鸡飞狗跳，四散而逃，有些丢盔弃甲游泳去了北面的上横档岛，有些砍了汉藩的脑袋主动投降，请求饶命的，陆战队没开几枪便是占据了这座岛，然后运输了重炮上岸，掩护攻击上横档岛。