双方在南都东门外展开了一场大混战。
不过这里的混战并没有持续多长时间，总兵官焦廷便得知西路军和中路军全都溃败的消息，太出乎意料了，形势急转直下，焦廷脸色聚变，他预感到灭顶之灾来了，不敢再战的他只好下令撤兵，京营兵随后追杀，刘良佐的三路大军很快会师了。
会师的地点当然是他们临时的营寨，但是郑洪逵、刘肇基和江阴三公并没有因为他们逃回营寨而停止追杀，六万京营兵加上五千御营早就兵合一处了，按照朱由崧旨意，这次不全歼判军决不收兵。
由于是始料不及的大溃败，溃败地点离他们营寨的距离又近，以至于刘良佐的三路大军来不及安排断后的人马，就已经败逃到营门口了。
刘良佐带兵多年，现在又贵为倡平伯，当然不会犯低军事错误，此时营寨中当然安排有几千守营的兵将，不过这些看家的兵将此时也懵了，因为他们刘大帅的人马跟后面追过来的京营兵连在一起了，弓弩和铳炮自然无法使用，只得冲出去接应。
短兵相接，他们自然占不了上风。原来他们仅有几千人，刘良佐的大军败局已定，岂岂是区区几千人的看家兵能挽回得了的？因此，这些看家守寨的兵将只得跟刘良佐那些出去攻城的三路大军一起往回败。
结果，刘良佐的人马逃进营寨了，朱由崧的京营兵和御营兵将也追进营寨，拼杀仍然在继续，在外面抵挡不住，到了自己的营寨里，刘良佐的人马照样抵挡不住，京营兵将根本不给他们喘息的机会，只要不弃械跪地投降的，一律杀无赦，刘良佐的人马甚至站不住脚，只得弃寨而又逃。
京营兵和御营的兵将仍然紧追不放，顾不得许多的刘良佐只好舍车保帅了，让总兵官焦廷带领本部人马留下来断后，在卫队的保护下，刘良佐打马如飞，带着一部分人马仓皇逃命。就这么从寨中一走一过，刘良佐发现身边跟上来的兵将锐减，
但是这次没跑出远，刘良佐不跑了，滔滔大江横断了去路，来时有战船，七万多人马过江后，他还留下一个卫的人马在这里看护战船，这是他的江上退路，也是用于接应随后支援他们的清军，可是他发现江岸边连一只船也没有了，那五千人马也是蛋精光。
吓得魂不附体的他纵马来到江边一看，岸边有斑斑的血迹，还有几处凌乱的断刃残旗，很明显这里不久前发生过一场激战。
几千人马和几百条战船就这样凭空消失了？刘良佐大惊，飞马上了一处高坡，手搭凉棚往对面观看，今天天气格外晴朗，能见度也高，这里江面也不算太宽，大江对面一览无余。
刘良佐很快发现，他的战船不知什么时候全都开到江北岸去了。排得整整齐齐的战船上，全是兵马，由于离得远，兵将的面目看不太清楚。
这时有人给他递来一支单管望远镜，这下看清楚了，这些战船是他的不假，但战船早已经换了主人，他的几千兵将被分散在一条条战船上，全都成了被人看押的俘虏。
看押这些俘虏的正是朝廷的兵将，有几张熟悉的脸刘良佐还认识，那是曾经的操江水师诚意伯刘孔昭，还有曾经的南京兵备道魏国公徐文爵。这两员主将旁边，还有一员年轻的武将，看其穿戴派头，官职也不小，只是他不认识。
刘良佐不知道，这员年轻的武将正是郑鸿逵本族的兄弟郑彩，这也是历史名人了，小伙子年轻有为，现任操江水师佥都御使。
原来，刘良佐率七八万人马分三路杀来，操江水师也早就接到朱由崧的圣旨，开始时的旨意也是不可浪战，放贼人进来。因此，在这样的圣意下，刘良佐的人马跟操江水师交手了，一万操江水师一接触即溃，驱散了操江水师，他们才得以顺利地渡江。
然而好景不长，刘良佐的人马渡过大江后，只剩下五千多人马在此看护战船，其余的主力杀到南京城下去了。这边刘良佐的主力刚一走，按照朱由崧的计划，徐文爵、刘孔昭和郑彩带着水师营又杀回来了，五千多人马赶紧应战。
但这次他们发现，操江水师刚才那一战完全是在装怂，现在真本领使出来了，刘良佐这五千人马根本不是操江水师的对手。
原因是现在的操江水师今非昔比，操江水师提督换成了魏国公徐文爵，他继承了祖上徐达的干练，南京兵备道刘孔昭辅助之，他继承了祖上刘伯温的睿智，加上由郑彩担任技战术总监、顾问，郑彩跟郑鸿逵一样也是海盗出身，对水上练兵冲杀很有一套，因此三个人同心戮力，短短的两个月将这一万名水师打造成了一支水上霸师。
只是朱由崧让他们扮猪吃老虎，起初的假败溃逃他们有些不解也有些郁闷，本来能打胜非要装败，武将军兵难免有些压抑，但随后的放手一搏，敌人出乎意料地惨败，这落差感令他们体会到了此种战法独特的爽感。
一场毫无悬念的激战，短短半个小时结束，刘良佐的五千人马除一部分被斩杀在江心船头外，其余的还剩下近两千人被包围，只得举手投降。