此时苏南各处的清军，大部都早已被陆续调往前方战场。这些被调走的清兵，之后又或败或溃，所剩无几。
而剩余留守的清兵，也多是老弱，战力基本为零，连维持本地治安都很勉强。
因此，苏南各府州的防御重任，就完全落在了商团的身上。各地的官吏、士绅、百姓、商贾，也都将全部希望寄托在陈家的身上，视为依仗。
可商团的人数原本就不多，满算也只有三团。加上直属、辅助，总共不过四千余人。
其中九江和池州两团，经历了东撤和九江、镇江两场战斗，各种减员已近千人。虽然途中又补充了大批慕名加入者，但总勇员还是不及五千。
即便商团战斗力很强，与旧式武装相比，似可以一当十。可与敌方的军势相较，那仍是天壤之别。
如今太平军号称百万，雄踞天京一带。距离苏南近在咫尺。莫说倾力来攻，便是分出一部主力再度东进，商团这些许人马抵挡起来，也是凶多吉少。
其实此前的镇江之战，便是太平军东征的序曲。只不过由于商团的顽抗，和罗大纲等部被中途调回，才推迟了这个进程。
随着太平军坐稳江南，再度向东，以图攻略苏州、上海，绝对是可以预料到的。
因此，加强苏南的防御力量，增强兵力，迫在眉睫。而增强兵力的方式，无非就是向外求援，和就地扩军。
若求外援，眼下能找到的，就是南北大营的正牌清军。
可那两处的官老爷们，打着钦差大臣的招牌，却都自顾不暇，还要求商团随时听候调派，协同作战呢。
于是面对缺少兵力的难题，就只剩一个解答方式了。那就是商团自行扩编！
局面既然如此，皇帝也在谕旨里命陈堂等办理团练，那扩编之事便也顺理成章。
商团决定要扩军，本就以陈堂马首是瞻的苏南官民，均无异议，迅速响应。为求正名，陈堂还专门上奏了朝廷，也很快便得到允准。
对此最为积极，最兴奋的，当然是陈济方。对于他而言，如今终于可以放开拳脚，一展抱负，让护商民团变成一支真正的军队了。
而扩编的具体筹划和组织，当然也就交由他来统筹负责了。而他首先做的，便是重新调整了商团的编制。
由于再无顾忌，陈济方在调整中所要考虑的，就只有如何更好的提高商团的战斗力。
他取消了之前的各级亲兵单位。并效仿西方军制，改换了部分单位的称谓，还设立了各专业兵种。调整的内容主要有：
一、基本编制单位，改称：班、队、哨、营、团。其中，班为十人制。其他每级，均采用下属四单位编制，并补充以其他专业兵种单位。
二、设立骑兵、炮兵、工兵、尖兵、勤务等，专业兵种及各级作战单位。
三、调整后的商团，以“营”为基本战术分队，以“团”为基本战术集团。
营和团的战力，也大幅度的得到了加强。调整后，每营约编八百余人，每团约编三千七百余人。
在这次整编扩军中，陈济方重点建设了，他梦寐以求的骑兵和炮兵队伍。
陈济方组建的骑兵，没有如欧洲军队或清军那样，更细的划分骑兵种类。而是统归一类，并兼顾了冷热武器两种战斗模式。
每名骑手，均装备有步枪或手枪，马刀和长矛。但碍于战马难得，商团的骑兵在很长一段时间内，规模都不算很大，最高也只建有哨级单位。
而商团的炮兵，在放开手脚后，却得以迅速扩充，后来甚至组建了炮营。在装备上，除了6磅炮外，还引入了大批威力更大的12磅炮。
扩军后的商团，仍以西洋枪炮为主要武器，为此就需要加大采购。此项，当然就由陈济生来负责。好在枪炮进口的商路早已打通，只要有钱，也并无难处。
这时商团的主要武器，是以德雷塞式步枪为主，辅以少量的密西西比式前装步枪，和帕特森柯尔特式转轮手枪。
随着对洋枪的需求扩大，又陆续有一些其他型号的枪械被引入。
例如，美国造，定型于1847年的，柯尔特温特尼沃克式骑兵转轮手枪。点44口径，枪重4.5磅，全长13.5英寸，采用6发圆形旋转弹仓，射程22码。
美国造m1850型夏普式来复枪。点58口径，全重9.25磅，总长48.5英寸，采用后膛单发装弹，射程500码。
还有购自美国，设计于1850年的，亨利式来复枪。点44口径，枪重9.25磅，枪长44.75英寸，射程440码。
该型枪采用16发管状弹匣，虽然装填极不方便，但每次装弹后可以连续射击，能在短时间内产生很强的火力。
之所以采购了大量的美国武器，除了其性能和产量上的优势外。美国商人同陈济生的良好关系，也是分不开的。
但枪械种类繁多，也带来了使用和枪弹补给等问题。陈家兄弟为此也协商了多次。除了尽量统一采购型号以外，还在不同队伍的武器配置上，很动了一番脑筋。
商团扩编的募勇，进行得也很顺利。有丰厚的薪粮相诱，又有各地官吏、士绅和其他商贾的支持，应征者络绎不绝。
此外，受战乱影响，长江上游有大批避难者涌入苏南。其中也有不少人，愿意投入商团。
当然商团也不是来者不拒的。要身体素质、精神面貌，甚至背景等各项达到要求才行。这样仅数月内，在遴选之下，仍募得了万余精壮。
整编扩军的最大难处，便是缺乏带队的官长，而这却是提高战斗力的重要因素。特别是扩编后的商团，仍坚持采用西方战法。
陈济方也很头疼此项，只能尽力推动。
为此，他一方面提拔了一大批，在此前战斗中表现出色的原商团官勇。还在招募中，格外挑选了许多有文化的年轻人，着力进行培养。
更长远打算的举措，则是在原商团在上海郊外的轮训基地的基础上，正式成立了“商团士官学堂”。专门用于教练商团官长。后来又将校址迁到了昆山。
而让众人意料未及的是，就在商团正如火如荼的扩军、训练、备战之时，苏南腹地却发生了一场动乱。