十人上船后刚好坐下，艄公走过来，向应文叩头道：“皇上，贫道是神乐观道长王升，当年老皇上曾经吩咐贫道：‘小皇上有难时，从鬼门出来的人，你把他们接到神乐观住下，自有人来救走他们’。今天上午我看皇宫金銮殿起火，就驾船到这里来看看，真把皇上等来了。”
应文说道：“我已削发为僧，法号应文，请道长称贫僧为应文和尚，我爷爷曾经对我说过：‘不当皇上，就当和尚。’我现在明白了爷爷的用意。”
傍晚，第二路的人也到了神乐观，共有二十六人，他们就在观里住下。第二天王升观主带来一个道士对大家说：“这位道长是武当山三丰祖师派来的郁离子大师，他特此来接大家到更安全的地方去，现在请他给大家讲一下怎么走。”
郁离子对大家说道：“我叫郁离子，先皇委托道、佛二教在这次劫难中营救大家出苦海，你们除了三人拌和尚外，其余的人全部拌道士。在道士中选一人为队长，我是你们的联络人。我们有三条纪律：一、出家人不要大声喧哗；二、不惹是生非、打架斗殴；三、注意保密，不与生人来往。有人问我们到哪里去，就说我们去南海取经。路上吃、喝、睡一律由我负责。你们的服装会后马上更换，你们的武器我现在要捡查，易暴露你们身份的武器不能带。”
郁离子走到廖平面前问道：“你是什么武器？”
廖平把宝剑递给郁离子，郁离子详细看了一下剑柄问道：“是明月剑吗？”
廖平回答道：“正是。”
郁离子说道：“这个剑我俩换一下，它会暴露你们的身份的，你佩我的剑。到了安全地方我会给你的。”
廖平看了一下应文，应文点头说道：“给他吧，我们留下无用，反而会暴露身份。”
廖平和郁离子换了宝剑后，郁离子说道：“今天傍晚有一只大船来接你们，深夜到大江，换大帆船出海。”
“出海干什么？”有人问。
“哎，”郁离子回答道，“我不是说了嘛，到南海去取经。”
这是郁离子故意撒的烟幕弹，这几句话，引得后来三保太监郑和从永乐三年（公元1405年）七下西洋，历时二十八年，去寻找建文帝的踪迹，虽然没找到，那却是‘失之东隅，收之桑榆’的事，使中国成为世界上第一个远洋航海的国家，比西方哥伦布早八十七年。郑和最远到达非洲东部的马达加斯加岛。
当天傍晚果然来了一只大一些的船，大家上船后，船就向北行。半夜来到长江里，换成三层的大帆船，郁离子也在船上。船顺江而下，像箭一样向东而去。大家一觉醒来，天已大亮，有人认识船已过栖霞山，大家才放下心来。大船上准备了一些书，也有佛、道二教的书，应文三人住在一间房里，每天就看些佛学书。船上还有几副象棋、围棋、长牌，各取所需，颇不寂寞。大船出了长江口就向南而去，开始了海上生活，不几天来到普陀山，他们在山上游览了一番，就匆匆离去。
再说燕王见城中起火，知道城中有变，忙带着周、齐二王和大队人马进入城中，兵部尚书茹瑺带领文武百官来接燕王。燕王问道：“皇上在哪里？”
茹瑺说道：“我们见奉天殿起火，就跑去一看奉天殿已成一片瓦砾，听说已经御驾了。”
燕王皱了一下眉头说道：“我们是无故被废为庶人，不得已才武力相救。本意是‘清君侧’，铲除齐、黄二奸臣，整顿朝纲，效法周公，留名后世，这一点，皇天可鉴，周、齐二王可以作证。想不到皇上不体谅我的苦衷，擅自轻生，使我愧对于天地，得罪于祖宗。我不是来争皇位的，是为清理皇上身边的奸臣而来的。”
茹瑺说道：“燕王，国不可一日无君，大王应天顺人，请燕王速登大位。”
燕王忙摆手说道：“我朱棣才疏学浅，无德无能，实难胜任，你们还是另选他人吧！”
文武百官黑压压地跪在地上说道：“天下是太皇的天下，大王现在是太皇长子，以德以功，应登大位。”
燕王摆摆手，大声说道：“太皇晏驾后，我作为皇子，想在父皇母后陵前叩个头，瞻仰一下遗容陵墓而不可能。所以，今天我先去孝陵，拜祭一下父母，其他事暂不谈，以后再说吧！”
当天燕王带上二王和三子，以及丰厚的祭品到孝陵父皇母后陵墓。第二天，燕王亲到皇宫视察，见奉天殿全被火焚，他气愤愤地骂道：“这是先皇建造的基业，被这个败家子一火焚了，真是罪过。”
燕王忙调兵来清理瓦砾，在瓦砾中清理出多具烧焦的尸体，只有一具有很小一块黄布没烧尽，就误认为是建文帝，就用上等棺木收殓，准备按君礼进行安葬，棺木停在废墟前。这时，一个满身穿白布孝衣的人，跪在地上，伏地大哭于灵柩前，士兵把他捉住，押到燕王前，燕王见了不知是谁，就问道：“你是方孝孺吗？我正想抓你，你却来送死，你胆子不小！”
方孝孺说道：“皇上都死了，我还活着干什么？”
燕王瞥了他一眼，不屑地说：“你想死？我偏不让你死！来人啦，把他关进天字一号大牢里去！”
燕王这几天在皇宫里的朝天宫驻扎和办公，朝天宫以前是太皇办公和接见宾客用的地方。燕王同时派人紧急赶修建奉天殿，茹瑺又领着那些文武大臣又来到朝天宫外，要求见燕王。燕王忙出宫问有何事，茹瑺跪下说道：“燕王，现在你是太皇的长子，又是在北方抗元的英雄，现在又是年富力强之时，请燕王以国家为重，以天下苍生黎民为重，早登帝基。现在国家百废待兴，只有大王能带领大家使国家走上大治。”
燕王仍然谦让，周、齐二王在一旁也说：“四王兄，你在我们二十多个兄弟中，你为长为大，这副担子，你不挑谁挑？”
燕王在原地思量了很久，犹豫不决，众人忙跪下，齐声说道：“请大王不要推辞了，不然我们长跪不起。”
燕王见火候已到，就坚定地说：“既然是大家推举我登基，现在又是百废待兴，本王就义不容辞了，但我不知怎么进行。”
礼部侍郎武邦国说道：“这一切我们都准备好了，后天是良辰吉日，只需告太庙和写诏书昭告天下就成了。”
“谁写诏书？”燕王问道。
众人答道：“最好是方孝孺。”
燕王马上叫人把方孝孺从狱中放出来，对他说道：“本王受满朝文武百官之托，推我登基，请先生写个登基诏书。”
“为什么不立皇太子即位？”方孝孺问道。
“太子也自焚了。”燕王回答道。
“为何不立太子的兄弟？”方孝孺问。
“两岁婴儿，怎能为君？”燕王说道。
“那为啥不立先皇之弟为君？”方孝孺问。
“十来岁的孩子一旦为君，就会又被奸臣背后操纵，成为傀儡，把朝廷搞得乱七八糟的。这是我们朱家内部的事，不需你操心。”燕王说道。
“这个诏书我不能写。”方孝孺把笔投在地上哭道。
燕王耐住性子，目视左右，左右重新拾笔递纸。方孝孺接过笔在纸上，写了‘燕贼篡位’四个大字，口中说道：“这就是你的诏书。”
燕王看了说道：“是满朝文武百官三番五次推我，以天下为重，早日登基。你却骂我是‘贼’‘篡位’，我知道你不怕死，难道你不怕我诛你九族吗？”
方孝孺大声回答道：“诛我十族我也不怕。”
“好，既是这样，那你就看我如何诛你十族。”燕王回头对左右说道，“快把方孝孺的十族全部抓来，叫他亲自看着我怎样诛他十族的。”
“十族是什么?”左右问道。
“十族就是他的学生和朋友。”燕王果断地说，“我不相信，离开你这个方屠户，我们就要吃混毛猪！”
第二天筹备登基事宜，诏书由大明才子解缙书写。解缙回家后，建文帝刚召进京，封为国子监侍读，未入黄子澄团伙，燕王请他写，他自然领命，他才华横溢，一挥而就，燕王十分满意，使登基大典能顺利进行。
第二天大典就在朝天宫进行，仪式很简单，好在社稷坛和太庙尚在，告天地、祭太庙就很容易，然后燕王黄袍加身坐在朝天宫的龙椅上，新旧文武大臣依次站好，由资历太监宣读登基诏书后，太监一声喊：“文武百官参拜新皇上！”
群臣边跪边呼：“远吾皇万岁万岁万万岁！”
皇上站起来，作了个手势说道：“众爱卿平身！”
大家一齐站起来，口中说道：“谢皇上隆恩！”
皇上宣读了六部五府的人事任命后，皇上再讲一番话，改元永乐，当年为洪武三十五年，明年为永乐元年，仪式就完成了。然后就昭告天下。
第二天，皇上发出第一道命令，逮捕齐泰、黄子澄、兵部尚书铁铉，不久，全部逮住，处以磔刑，灭三族。布政使盛庸，户部侍郎卓敬，御史练子宁，礼部尚书陈进，刑部尚书暴昭、侯泰、大理寺少卿胡闰，苏州知府姚善，御史茅大芳，抓住后全部被杀。方孝孺灭十族，共八百七十三人一律处死。
接着改建文政令，恢复洪武旧制，将孝康皇帝（朱标）改谥懿文太子，改太后常氏懿文陵，废允熥、允坚为庶人，关押在凤阳，四子允熙年少，令为母守陵，改封瓯宁王。
该杀的杀了，该关的关了，其他一些旧臣如耿炳文、李景隆先后服毒自杀，郭英逃走，隐居江湖。剩下的只有一个徐辉祖，他觉得怎么处理，有些棘手，首先，上辈之间的事：这辈他们又是郎舅关系，他虽是魏国公，却不受重用，受齐、黄二人的排挤，上战场只是个偏将，守城时，兄弟徐增寿冤枉被杀，徐辉祖又杀了杀人者，造成无人守城，客观上帮了他的忙。想到这里，他决定派朱高煦代表他，前去看望外祖母，同时请徐辉祖入朝议事，这样果然请来了徐辉祖。
徐辉祖来到朝天宫，见皇上正在看奏折，就弯腰拱手说道：“臣徐辉祖拜见吾皇万岁万岁万万岁！”
皇上放下手中的奏折，说道：“快，平身，看坐！这几年你还好吗？”
徐辉祖坐下来，说道：“我还算好，没有被杀头，总算逃过一劫。”
“谁要杀你？”皇上问道。
“还不是兵部尚书铁铉，御林军统领魏勉是他的妻舅，胡高是魏勉
的外甥，铁铉回来，我们一家能不遭大难吗？幸喜你们入城快，方孝孺派的城防统领刚赶到见城已破，他才走了。”徐辉祖说道。
“娘的身体还好吗？”皇上问道。
“好什么呀！前几年就担心你这个‘半边儿’，经常叫我们兄弟二人，悄悄打听你的消息，先是听说你疯了，她急得不得了，晚上急得睡不着觉，通宵念经拜佛。天天叫我们兄弟俩去打听你的情况，我们不去，挨了不少骂，说我们不关心你。我们说，他是燕王，他吉人自有天相，不需要我们关心，娘骂我们弟兄没良心，说你姐夫要是有个三长两短，你们姐怎么办？三个外甥怎么办？后来听说你昏死半年，我们啥也不敢说，只说你很好，她才安心了。上个月增寿被害，娘哭了好多天，骂我没保护好兄弟，现在才好些，她一夜添了好多白发。听说你进了南京，她很高兴。今天，她见了高煦，紧紧抱住高煦，直流眼泪，好一阵才丢手。”徐辉祖絮叨地说。
皇上听了点头说道：“看来一个人有娘挂念也是一件好事。你现在打算干什么？”
“唉，我们一家倒霉透了，我父亲为大明立下了汗马功劳，因功高震主，下场我就不说了，到了我们这一辈，那是两头儿受气，齐、黄当权时我们弟兄被视为另类，我们的俸禄经常被克扣，也没说话叫屈之地，现在你来了，我们又说不清道不明。”徐辉祖说道。
永乐帝看了徐辉祖一眼，把身子靠在龙椅背上，两手十指叉放在服前，说道：“你说说，什么是说不清道不明。”
徐辉祖不慌不忙地回答道：“就拿这四年来说，你一定会问我们，你为朱允炆干了些什么？我明确地告诉你，我上了三次战场，第一次我给耿炳文当偏将，不上前线，专做运粮官。我乐意地答应了，免得我们在战场上和你刀兵相见，场面尴尬。第二次给李景隆也是当偏将，派我守后营。堂堂魏国公，给人家当偏将，作运粮官、守后营，心里的滋味可想而知。我安慰自己：薛仁贵当年未得志时，还当火头军嘞，我比他强。第三次是瓜州会战，也派我去守后营。我刚赶到瓜州，前面的部队就被你打垮了，我赶快退回南京守城，这些事你都知道，我就不说了。”