一、即位之初
林丹汗即位之时，正值蒙古内部权力分散且外部压力重重的关键时刻。万历三十二年（1604年），年仅十三岁的林丹汗继承了汗位，成为蒙古大汗，他继承的是一个已经衰败的汗国。此时的蒙古汗权不再像昔日那样强大，各部落各自为政，其中科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯等部已经不再完全服从于蒙古大汗的指挥，而仅仅是名义上的共主。这些部落中，有的已经倾向于独立，有的则与后金有着密切的联系。同时，漠西的瓦剌部依然保持着与北元的敌对状态。
林丹汗即位之初，在明朝的官方记录中也有所体现。万历三十四年（1606年）十月，明朝兵科都给事中宋一韩在其奏文中提到林丹汗，称其为“凌丹憨新立”，暗示了林丹汗刚继位不久且尚未树立权威的事实。同时，宋一韩还指出，尽管当时的蒙古内部存在分裂，但由于土蛮（布延汗）去世，明朝暂时得以喘息。宋一韩认为，林丹汗作为一个“穷饿之虏”，尚未获得足够的实力来应对复杂的局面。
次年七月，兵部尚书萧大亨也在上疏中分析了边防形势，提到了林丹汗“幼憨嗣立，懦弱未威”，这意味着年轻的林丹汗尚未能够建立起强大的个人权威来统领蒙古各部。这种描述反映了明朝对林丹汗早期统治能力的看法。
万历三十七年（1609年），辽东巡按熊廷弼在报告中也提到林丹汗“尚不能统众”。这表明，在林丹汗即位后的几年里，他仍然未能有效地团结蒙古各部，也没有足够的力量来应对明朝或者后金的威胁。
二、崛起壮大
林丹汗即位数年后，其威望与实力逐渐提升。万历四十年（1612年），林丹汗首次率军三万侵入明朝边境，虽然此次行动未能取得显着成果，但显示出了林丹汗扩张领土的野心。随后的几年里，他继续加强自己的军事力量，并在万历四十三年（1615年）秋天发起了更加大规模的军事行动。这一年，林丹汗亲自率领数万军队，连续三次袭击明朝边境，从广宁到锦州的战线绵延数百里，声势浩大，明朝方面对此表示震惊，称林丹汗为“虏中名王，尤称桀骜”。
万历四十五年（1617年），林丹汗送回了之前掳掠的明朝人口，并获得了与明朝进行贸易的权利。这一举动不仅缓解了与明朝的紧张关系，也提升了他在蒙古诸部中的声望。
值得注意的是，在万历四十三年（1615年）的军事行动中，林丹汗与内喀尔喀五部盟主卓里克图洪巴图鲁（明朝称为炒花）联手，显示出内喀尔喀已经屈服于林丹汗的控制之下。这一时期，林丹汗采取了一系列措施加强自己的汗权，包括修建都城察汉浩特（意为“白城”，位于今内蒙古赤峰市阿鲁科尔沁旗境内的查干浩特城址），并使用《图们汗法典》约束诸部，促使漠南诸部重新向大汗朝觐。林丹汗的理想不仅仅是加强察哈尔部的力量，而是要恢复成吉思汗的霸业，这一点从他的尊号“神中之神全智成吉思隆盛汗”、“林丹呼图克图圣武成吉思大明薛禅战无不胜无比伟大恰克剌瓦尔迪太宗上天之天宇宙之玉皇转金轮法王”中可见一斑。
同样是在万历四十五年（1617年），林丹汗在西藏萨迦派僧侣沙尔巴呼图克图的劝说下，从原本信仰的黄教（格鲁派）改宗为红教（萨迦派，广义上与宁玛派、噶举派皆属红教）。当时，黄教已经在蒙古地区传播了几十年，拥有深厚的根基。林丹汗的改宗行为无疑加剧了信奉黄教的蒙古诸部对他的离心倾向，这对他的统一蒙古大业产生了不小的阻碍。
三、交恶后金
随着努尔哈赤在东方建立起后金汗国，林丹汗面临了一个新的强大对手。努尔哈赤不仅对明朝构成了威胁，同时也对林丹汗的统治造成了压力。努尔哈赤通过与科尔沁、内喀尔喀等部的联姻，逐步削弱了林丹汗在蒙古诸部中的影响力。
万历四十六年（1618年），努尔哈赤发动了对明朝的战争，明朝在萨尔浒之战中遭受惨败，辽东地区岌岌可危。明朝开始考虑利用林丹汗来对抗努尔哈赤。同年九月，明朝辽东经略杨镐提出了“制东夷在先款西虏”的策略，旨在利用林丹汗的力量来牵制努尔哈赤。随后，户科给事中应震、山西道御史冯嘉会、兵部尚书黄嘉善等大臣纷纷提出“以夷攻夷”的策略，试图通过支持林丹汗来达到牵制后金的目的。
万历四十七年（1619年），努尔哈赤在萨尔浒之战和开原之战之后，率军围攻铁岭。内喀尔喀部中最强大的宰赛率万人支援明朝，但抵达时铁岭已经失守，宰赛在与后金军交战中大败，本人及其两个儿子被俘。同年八月，明朝的重要盟友叶赫部也被努尔哈赤击败，这迫使明朝将注意力转向林丹汗。
同年秋天，明朝派监军王猷带着四千两白银出使察汉浩特，希望与林丹汗结盟。林丹汗起初以病为由不见明朝使臣，并拒绝接受谕帖，试图抬高谈判的筹码。最终双方达成协议，明朝每年提供四千两白银给林丹汗，以换取他对广宁城的保护。次年，明朝将赏银提高到了四万两。
与明朝结盟后，林丹汗于万历四十七年（1619年）十月派遣康喀尔拜虎携带国书出使后金。在这份国书中，林丹汗自称为“四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗”，蔑视努尔哈赤为“水滨三万女真之主”，宣称广宁城已经被他降服，并警告努尔哈赤不要侵犯广宁。这份国书的傲慢态度激怒了后金的诸臣，努尔哈赤当时正忙于利用在铁岭之战中俘获的宰赛等人质，以要挟内喀尔喀与自己结盟，因此没有立即回应。
次年正月，努尔哈赤正式回复林丹汗，他在回信中数落了明朝灭亡后蒙古汗廷的困境，并怂恿林丹汗与自己结盟共同对抗明朝。林丹汗没有回应努尔哈赤的提议，并扣留了后金使臣硕色乌巴什。努尔哈赤误信内喀尔喀传来的谣言，以为硕色乌巴什已被林丹汗杀害，于是斩杀了林丹汗的使者康喀尔拜虎。不久之后，硕色乌巴什逃脱回到后金。这一系列事件导致后金与林丹汗察哈尔部之间的关系彻底破裂。
四、联明抗金
林丹汗与明朝的合作主要基于相互的利益需求。努尔哈赤占领沈阳后，林丹汗意识到这是一个展现实力、获取明朝支持的机会。天启元年（1621年）春，当努尔哈赤准备进一步攻取辽阳时，林丹汗命令蒙古左翼三万户的大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉率领内喀尔喀卓里克图、达尔汉巴图尔、巴哈达尔汉等2000骑兵前往沈阳，目的是解救仍被拘禁的宰赛。
蒙古军队抵达沈阳城下并与守城的后金士兵交战，但因担心努尔哈赤的援军到来，很快就撤退了。八月，内喀尔喀五部以一万头牲畜作为赎金，从努尔哈赤那里赎回了宰赛。这一失败不仅削弱了林丹汗在蒙古诸部中的威望，也让他意识到与后金对抗并非易事。
努尔哈赤在占领沈阳后，计划进一步占领广宁。当时明朝的广宁巡抚王化贞非常信任林丹汗，相信林丹汗能够出兵四十万相助，并承诺给予林丹汗一万两白银的奖励。然而，辽东经略熊廷弼则认为不应过分依赖蒙古力量，主张加强明军自身的实力。
天启二年（1622年）正月，努尔哈赤发动了对广宁的大规模攻势。王化贞仓皇逃离广宁，而林丹汗先期派出了一万军队支援广宁，另有两万军队因为雪阻未能及时到达。当林丹汗的援军赶到时，广宁已经落入努尔哈赤之手。
林丹汗的军队随即转而守卫山海关，并继续与明朝协商夺回广宁后的赏赐事宜。明朝为安抚林丹汗，预计的花费达到了百万两白银之巨。尽管如此，明朝并不寄希望于林丹汗能够有效地牵制后金。例如，袁崇焕曾评价林丹汗虽有数十万兵力，但在纪律性上远不及努尔哈赤的军队，因此他建议林丹汗不要与后金进行正面交锋。
五、内部纷争
广宁之战之后，后金对明朝的攻势暂时放缓，而蒙古内部的矛盾开始显现。林丹汗对内喀尔喀与后金之间的通婚和结盟感到忧虑。他指责管理左翼三万户的大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉没有妥善管理，甚至怀疑他与努尔哈赤有秘密联系。这加剧了蒙古内部的分化。
天启二年（1622年）二月，锡尔呼纳克杜棱洪台吉带领三千多户投奔辽阳城，归顺了努尔哈赤。随后，内喀尔喀的其他部族也开始陆续投奔后金。与此同时，乌珠穆沁部的翁衮都喇尔子多尔济车臣济农和他的叔侄塞棱额尔德尼台吉因与林丹汗不和，率领部众投奔了漠北外喀尔喀。苏尼特部的素塞巴图噜济农、浩齐特部的策凌伊尔登、阿巴噶部的都思噶尔札萨克图济农等也离开了林丹汗，投奔了漠北。
此外，林丹汗与蒙古诸部之间的贸易关系也出现了问题，他的货物被喀喇沁部多次劫夺，而喜峰口插赏贸易的份额也被侵占。这些事件进一步削弱了林丹汗的权威。
面对蒙古内部的危机，林丹汗决定首先解决内部不服从的部族问题。他认为：“南朝止一大明皇帝，北边止我一人，何得处处称王？”这意味着他当务之急是要统一蒙古。内喀尔喀五部虽然与努尔哈赤结盟，但仍与明朝保持联系，并且拒绝断绝与察哈尔的关系。为此，努尔哈赤于天启三年（1623年）四月对内喀尔喀发动了惩罚性的攻击，杀死了扎鲁特部的台吉昂安。内喀尔喀盟主卓里克图试图与林丹汗联合复仇，但林丹汗并未积极响应，反映出他不愿意直接与后金对抗，而是专注于内部稳定。
林丹汗最大的内部挑战来自于奥巴台吉领导的科尔沁部，该部与后金的关系日益密切，并于天启四年（1624年）正式与努尔哈赤结盟。同年十月，林丹汗派绰尔济喇嘛与奥巴谈判，但没有达成一致。随后，林丹汗率军征讨科尔沁部，奥巴向后金求援。努尔哈赤派兵五千支援，但实际上并没有真正保护科尔沁部。得知后金出兵的消息后，林丹汗不愿与后金直接冲突，于是撤退，解除了对科尔沁的威胁。
天启六年（1626年）春，后金在宁远之战中失利，对内喀尔喀的支持明朝的行为表示不满，于是第二次讨伐内喀尔喀。内喀尔喀被打得溃不成军，其领袖卓里克图在西拉木伦河遇到林丹汗。林丹汗严厉批评卓里克图对其不忠以及内喀尔喀在明朝和后金之间摇摆不定的态度，并趁机吞并了卓里克图的余部。同年八月，努尔哈赤去世，皇太极继承后金汗位。皇太极以扎鲁特部多次劫杀后金使臣为由，第三次讨伐内喀尔喀。林丹汗再次趁机攻击内喀尔喀残部，进一步削弱了内喀尔喀的力量，使其几乎土崩瓦解，只剩下巴林部和扎鲁特部。
六、西迁右翼
在科尔沁部加入后金阵营以及内喀尔喀五部被严重削弱之后，皇太极开始向林丹汗的察哈尔部施加压力。察哈尔部的八个鄂托克中，奈曼和敖汉部处于林丹汗和皇太极势力的夹缝之中，它们试图充当调停者的角色。天启七年（1627年）初，奈曼和敖汉派绰尔济喇嘛前往沈阳与皇太极议和。皇太极不仅暗示奈曼和敖汉归顺后金，还要求直接与林丹汗通使。
林丹汗得知奈曼和敖汉与后金通款的事实后，不仅没有理解他们的立场，反而决定讨伐这两部。奈曼和敖汉不堪林丹汗的压力，于天启七年（1627年）六月背叛林丹汗，归附后金，并与皇太极订立盟誓。
在这种情况下，林丹汗被迫选择西迁。西迁的原因主要有以下几点：首先，他在左翼地区已经失去了众多盟友的支持，加之后金势力日益壮大，迫使他不得不寻找新的生存空间；其次，他试图利用右翼地区力量较弱的机会，兼并诸部，恢复蒙古大汗的地位；第三，察哈尔部与明朝贸易的重要据点广宁已经失陷，林丹汗希望通过兼并右翼诸部来控制明朝给予右翼的丰厚贸易权益。
天启七年（1627年）十月，林丹汗率领数万众离开辽河套，开始西迁。他留下多罗特部留守故地。西迁过程中，林丹汗迅速击败了宣府、蓟州边外的喀喇沁部以及宣府、大同边外的土默特部，在右翼地区站稳脚跟。经过几场战役，如赵城之战、埃不哈之战等，林丹汗在崇祯元年（1628年）底基本平定了右翼地区，驱逐了顺义王卜失兔（土默特俺答汗之孙），并废除了代表大汗管理右翼的世袭官职济农额璘臣。随着林丹汗的胜利，右翼诸部相继归附了后金。
另一方面，留在辽河套的察哈尔部也开始瓦解。奈曼、敖汉两鄂托克已经投靠后金，阿喇克卓特也紧随其后降金。浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特三鄂托克则北上投奔了漠北外喀尔喀硕垒台吉（后来的车臣汗）。
七、四面对敌
崇祯元年（1628年）二月，皇太极率领后金军在敖木林歼灭了多罗特部。五月，他又派济尔哈朗和豪格再次前往敖木林，清剿古泰塔布囊等察哈尔残部。这些行动导致后金兼并了察哈尔故地。同年九月，皇太极听信了喀喇沁贵族提供的错误情报，认为林丹汗已经在赵城被击溃，于是组织了第一次对察哈尔的大规模远征。然而，由于科尔沁部的不配合，后金军只在追至兴安岭并收服了一些察哈尔余众后就折返，未与林丹汗正面交战。
崇祯二年（1629年）十月，皇太极再次动员后金与蒙古大军西征，但最终选择了攻打明朝，导致了己巳之变。
此时，林丹汗与明朝的关系也日益恶化。他西迁的一个重要目标是获得右翼所拥有的“市赏”，但明崇祯帝即位后取消了这些赏赐，林丹汗派去索要赏赐的大臣贵英恰被明军杀害。因此，林丹汗于崇祯元年（1628年）六月大举入侵大同，屠杀明朝军民数万人，几乎攻占了大同城。明朝原本希望通过右翼诸部抵御林丹汗，但在崇祯元年底时右翼地区已被林丹汗平定。明朝不得不于次年恢复“市赏”，以期缓和与林丹汗的关系。尽管如此，由于“塞外霜早，颗粒无收兼厉疫盛行”，林丹汗的实力受到了极大的削弱，兵员严重减少。即便如此，林丹汗仍在崇祯四年（1631年）和崇祯五年（1632年）侵犯明朝边境。
在与后金和明朝的对抗之外，林丹汗还继续打击其他蒙古部落。从崇祯二年（1629年）开始，他进军漠北蒙古，击破了当时风头正盛的外喀尔喀右翼的和托辉特部（阿勒坦汗王朝），迫使和托辉特部于崇祯四年（1631年）向俄国求援。林丹汗还杀害了漠北外喀尔喀诸部派到右翼的使者，引起了漠北诸部的恐慌。同年十一月，林丹汗东征西拉木伦河，奇袭已降金的阿噜科尔沁部达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众。皇太极亲自率领2000名精锐骑兵赶来，但林丹汗早已撤离。
八、赍志以殁
林丹汗西迁以来，虽然取得了一些军事胜利，但他的行动也使得他与大多数蒙古封建主之间的关系恶化，陷入了孤立无援的境地。漠西和漠北原本就不臣服于林丹汗，而漠南诸部在他的打击下纷纷向东投奔后金。皇太极一心想要除掉林丹汗，崇祯四年（1631年）四月就已经准备讨伐林丹汗，但在科尔沁部首领奥巴的劝说下推迟了行动。
崇祯五年（1632年）初，奥巴听说林丹汗准备攻打自己在北边的亲族孛罗科尔沁，于是转变态度，怂恿皇太极讨伐林丹汗。三月，皇太极组织了第二次对察哈尔的大规模远征，并传令归顺后金的蒙古各部速率部来会。四月，科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉在西拉木伦河岸会师，总兵力据说达到了10万。镶黄旗的两名蒙古人偷马逃出，将大军逼近的消息报告给了林丹汗。当时林丹汗驻扎在归化城，得知消息后非常震惊，命令可以携带二牛以上的部众全部跟随他北迁。
皇太极率军一路追踪林丹汗的动向。四月二十三日，行至都勒河（今内蒙古正蓝旗北境），从一名察哈尔人那里得知林丹汗已经逃到了北面的库黑得勒苏。皇太极又率军朝西北达里冈爱方向进发，一直行至布龙图地方（今内蒙古苏尼特左旗境内）。五月初十日，从前哨劳萨那里获悉林丹汗已经无法追击，便决定先夺取察哈尔部民，掉头南下，于五月二十七日进入归化城，俘获了察哈尔余部及当地汉人五千五百余人。在与明宣大边臣议和并交易后东归，途中收拢了林丹汗所遗部众数万人。
林丹汗此时正兵分两路，远征漠北的茂明安部和阿巴噶部。他的东路军于七月初七日遭到茂明安、阿巴噶人的伏击而溃败，但西路军未受损失，驻扎在克鲁伦河，与茂明安、阿巴噶人对峙。之后发生了内乱，林丹汗于崇祯六年（1633年）三月重返大同边外的大青山，并派人向明朝“索赏”，但明朝并未给予。林丹汗便在当年五次攻掠明边。
崇祯七年（1634年），林丹汗连续在三、四、五月出兵，都是为了获得粮食。当时林丹汗部众缺少粮食，甚至到了“杀人以食”的地步，大批臣民投奔明朝或后金。五月下旬，林丹汗出现在张家口边外，派人向明朝“索赏”，随后率众迁走。其目的地是藏区，因为他在外喀尔喀的盟友朝克图台吉（却图汗）已经征服青海，所以他准备去藏区与朝克图台吉及西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉结盟，因为他们都不信仰黄教，所以被称为“反黄教联盟”。
然而，林丹汗还没有走到青海，就在崇祯七年（1634年）八月感染了天花，死于西拉他拉大草滩（今甘肃天祝藏族自治县境内），结束了他的一生。
九、后代降金
林丹汗病故后，其遗下的部落无人管理，陷入了混乱状态。林丹汗的遗孀们以及他的儿子额哲率领剩余部众返回了河套地区。此时，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，邀请他移帐至漠北。
崇祯八年（1635年）二月，皇太极命令多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格率领一万兵马第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到了林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），从她那里得知了额哲的所在位置。四月二十日，后金军渡过黄河，并于四月二十八日在大雾的掩护下包围了额哲的营帐。后金军派遣苏泰之弟南楚前去劝降。额哲和他的母亲苏泰福晋随后出降后金。这一事件标志着北元正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部纳入后金的版图。
额哲投降后，还向后金献上了所谓的传国玺。皇太极得到传国玺后，被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻臣汗”。基于这一事件，皇太极于翌年建立了大清王朝。
察哈尔部被清廷安置在义州（今辽宁义县），并被分为八旗，左右翼各领四旗。额哲被封为亲王，并娶了清太宗皇太极的次女固伦温庄长公主马喀塔。清崇德六年（1641年），额哲病故，其弟阿布鼐接替他掌管察哈尔，并于清顺治二年（1645年）迎娶了额哲的遗孀马喀塔。
康熙十四年（1675年），布尔尼举兵反清，但很快就被镇压下去，林丹汗的后裔也因此断绝。
结语
林丹汗的一生充满了波折与挑战，他不仅是蒙古帝国最后的辉煌，也是蒙古与后金之间复杂关系的缩影。尽管他未能实现统一蒙古各部的目标，但他对蒙古历史的影响是深远的，标志着一个时代的结束。