1874年2月6日，日本政府通过《台湾番地处分要略》。4月组成所谓的“台湾生番探险队”3000人，由陆军中将西乡从道率舰队侵略台湾，并在琅峤登陆。5月18日，日军开始与台湾当地居民交战。牡丹社酋长阿实禄父子等战死。7月，日军以龟山为中心建立都督府。太平天国得知日军侵犯台湾消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建省统制郑永和派兵直赴台湾支援。郑永和等到达台湾后，与台湾省统制刘铭传一起积极备战，台湾省长卢忠信、总教文质彬与日军交涉。日军由于不服台湾水土，士兵病死较多。日本政府考虑到不能立即军事占领台湾，于是转而用外交手段解决问题。刘铭传与郑永和互相配合，一场激战，攻克龟山日军都督府，全歼西乡海军陆战队，西乡逃回海上舰队。太平军东海舰队司令丁汝昌率舰船包围西乡从道舰队于琅峤海面，陆上海岸有刘铭传的陆军部队，西乡舰队补给中断，陷入困境。5月28日，日本第一任驻华大使柳原前光抵达上海，积极贯彻拖住太平天国政府的策略。声称日本“讨伐”的地方是不属于太平天国管辖的“无主野蛮之地”，最后还不忘“一脸诚意”地说，出兵只是为了向台湾土着“问罪”，对太平天国依旧保持和平。太平天国外交部长傅兰雅正告柳原前光，日本必须为武力侵台向天国道歉，并赔偿天国军费白银一百万两，台湾死难者抚恤费白银二十万两，否则将武力消灭西乡舰队。柳原前光见无法在外交上占到便宜，便向内务卿大久保汇报，大久保上奏明治天皇，日本当时并未跻身与世界列强，且国内动荡，明治天皇不得已同意太平天国的条件，授意柳原前光与太平天国签定了《台湾专约》，由日本赔偿太平天国白银一百二十万两。条约签定，太平天国军务制置院令丁汝昌放西乡舰队回国，郑永和部仍回福建，刘铭传在台湾整军经武，修缮各府县城墙，择地构筑国防工事，在沿海险要处修筑炮台，建立台湾炮艇队。
甲戌风灾发生在1874年9月22日至24日。当年一连三日，一个强烈台风横过珠江口，先后吹袭香港及澳门，远至广州亦受灾害。港湾内大小船只纷纷沉没，岸上的房屋成片倒塌，花王堂受电击起火，火光冲天，烧毁大量的房屋。在香港，台风造成2,000余人死亡，成为香港有记录至今第三多人死亡的风灾，风暴期间，千间房屋被摧毁，维多利亚港内十多艘远洋船只沉没，数百只中国帆船沉没，还有包括花王堂在内的大批建筑被摧毁，损失共达200万元。澳门则约有5,000人死亡，以当年澳门人口约15,000人计，死亡人数高达全市人口的三分之一，亦是澳门史上最多人死亡的风灾。后来，澳葡当局为了纪念这一重大自然灾难的死难者，定9月22日为“天灾节”。1874年10月2日，太平天国南海舰队司令邓世昌以赈灾为名率舰船到香港、澳门，出动海军陆战旅，一举拿下两地，建立香港市、澳门县。英国驻华公使威妥玛提出强烈抗议，但此时英国政府正在忙于吞并马来半岛。1873年，在面临法国染指马来半岛的情况下,英国大举向马来半岛侵略扩张。盛产锡矿、又处于分裂状态的霹雳邦首当其冲。1874年1月，英国利用霹雳封建主为争夺苏丹继承权而发生内讧、锡矿开采区发生骚乱之机，强迫霹雳王室在邦咯条约上签字。从此霹雳沦为英国的殖民地。1874年11月初，英国驻霹雳第一任驻扎官J.w.伯奇到任，下令重新任命只对英国驻扎官负责的地方法官、村长，禁止各地封建主自行征税，宣布对粮食、船只、砍伐木材与亚答叶等都要征收重税。同时，征收户口税。英国政府接到威妥玛报告，鉴于太平军已实际占领香港且天国拒绝承认清廷对外所签一切条约，英国在华铁路修建上投入巨资又不便与天国交恶，只得接受太平天国夺回香港的事实。此时葡萄牙王室上层的互相倾轧使葡萄牙陷入无休止的内战和混乱，葡萄牙无力顾及澳门，也接受了太平天国夺回澳门的事实。
1874年10月9日，万国邮政联盟成立，太平天国宣布加入该联盟。1874年12月同治帝病逝，两宫要求政务院拨款按帝仪安葬，遭到政务院严词拒绝，最后同治由清室自掏腰包按普通百姓规格进行了安葬。