1895年10月30日，日军已断粮二十来天了，英法德美意运来的粮食都被太平军五大舰队截获扣押，期间，日本发动了几次进攻和袭击太平军粮道的行动，都因武器太差而失败，没有粮食的日军只好杀马充饥。1895年11月1日，日军近卫师团两个旅团前来增援，大本营制定了由五个师团正面佯攻太平军广岛营垒，装备村田式连发枪的第四师团和日军近卫师团的两个旅团携带大阪炮兵工厂新生产的二十门七十五毫米榴弹炮、五门七十五毫米山炮偷袭太平军福岗营垒，妄图截断太平军粮道。太平军福岗守军是太平军第五野战师第十五旅第二卒，及太平天国福岗县卫，卒长为江近莆、统领为日本天道教徒小松大造，两人一个守营垒战壕、一个守城墙，配合相当默契。日本军队带足马肉，以近十倍的兵力攻击营垒。太平军野战部队在战斗打响前就在垒前筑一土城，城中多设枪眼、小炮台。土城前又挖战壕、交通壕、置掩体。战斗时，太平军藏身战壕中射击，土城中步枪和小炮也攻击日军，待日军发炮时太平军藏于掩体，炮停又出。太平军大炮则位于城墙高处炮台，对进入射程的日军狂轰滥炸。日军每次来攻的都是敢死队，他们均是日军中精锐悍勇之人，虽然每次攻来大多数人皆死在太平军的枪炮之下，可后来者依然踏着已死之人的尸骨冒着枪林弹雨继续向太平军营垒冲击。
第三日，太平军休整完毕的黄海舰队以釜山为出发基地攻占了对马岛和壹歧岛，直达博多湾，以海军舰炮轰击日军，摧毁了几处日军炮兵阵地，日军受到来自海上的打击，伤亡颇重，对福冈城的攻势锐减。1895年11月5日夜，太平军任三应的骑兵旅夜袭日军第四师团部，师团长山泽静吾胸部中弹负重伤。在太平军的强力打击下，日军第四师团和近卫师团二个旅团伤亡惨重，剩下的缺粮少弹、又累又饿地逃回广岛。
1895年11月11日，在太平军太平洋舰队的护卫下，太平军黄呈忠第七野战师及新招的一个由会日语人员组成的独立旅、骑兵独立第三旅、第十一独立炮兵旅、第十二独立炮兵旅、辎重第四旅、辎重第九旅、辎重第十二旅从库页岛登上军舰到北海道宗谷村登陆，以辎重旅在宗谷村建基地，第七野战师、独立旅、骑兵独立第三旅、第十一独立炮兵旅、第十二独立炮兵旅则趁日军大部都在广岛、北海道仅有一个守备旅团、屯田兵团留守部队和一些警察部队之机攻占了整个北海道。到1895年12月28日，太平军黄呈忠集群已攻占了日本东北部的青森、岩手、宫城、秋田、山形、福岛，连克关东地区的茨城、埼玉、千叶，直逼东京都。此时东京都仅有北白川宫能久亲王的一个近卫旅团和一个守备师团、少量警察部队，虽然北白川宫能久亲王当众宣称要与东京都共存亡，但是明治天皇还是想迁都到离广岛很近的京都府去。北白川宫能久亲王认为东京都兵少却是日军中的精锐，武器装备精良，城中尚有存粮可支半年，防御工事也足备，京都府离广岛虽近，但广岛部队新兵较多，又缺粮，武器装备参差不齐，因此应从广岛调回近卫师团的二个旅团和第四师团死守东京都，以待列强支援调停。明治天皇仔细思索，觉得很有道理，就一天连发三道诏旨急召近卫师团的二个旅团和第四师团回东京都。
这天，广岛前线，松宫彰仁亲王和西乡从道决定趁战马尚未食尽再发起一次对广岛太平的全面攻击，这次攻击将以第四师团和近卫师团的二个旅团为主力，第三、第六野战师团配合作战，其余师团从侧翼牵制。正在松宫彰仁亲王和西乡从道决心亲自带队突击时，明治天皇的诏旨到了，松宫彰仁亲王正决定不理会诏旨，明治天皇的第二、三道诏旨又到了。松宫彰仁亲王长叹一声，不顾西乡的阻拦，只得令第四师团和近卫师团的二个旅团回东京都护驾。最后，西乡竟带着三、六野战师团向太平军营垒发起疯狂地进攻。在西乡的自杀式攻击下，太平军一度丢掉了些野战壕垒，但是又很快组织兵力夺了回来，西乡头部被炮弹片击伤，日军撤回了营地。转眼到了1896年2月，日军战马已被吃光，全军以野菜树皮充饥。1896年3月，黄呈忠指挥第七野战师运用穴地爆破，炸毁了东京都的一段城墙，太平军蜂拥入城，俘虏了明治天皇和北白川宫能久亲王等一大批日本中枢官员。1896年5月6日，明治天皇下诏去帝号并要求各地投降太平军。接到诏书，西乡从道和军中一些死硬派切腹自尽，松宫彰仁亲王代表日本军方向古大力交出了指挥刀。1896年5月12日，日本全境皆降，太平天国把日本划为邪马省和日本省，派各教导旅与日本天道教徒一起组建日本各级地方政府和部队，运送粮食周济日本居民，又从中国、朝鲜、南韩、越南移民一千五百万到日本，从日本移民二千万到朝鲜、南韩、越南、外东北，日本遂灭。