就在三仙岛和不可描述之怪物脱离“莎”的内部之后，神秘专家很快就发现了发生在那个区域的大战。想要无视那场战斗是不可能的，巨大的冲击让“莎”内部的所有区域都发生了剧烈的动荡，一些扭曲的现象发生时，那些看似正常的风景都带上了别样的味道，物质的轮廓也隐约让人感到不对劲。没有人可以具体描述这些别样和不对劲的地方，那就像是难以用肉眼观察到的细节上的变化，就如同是在可见的物质构造内部发生的某种质变。然而，即便不用眼睛去看，神秘专家们也可以凭借自身的直觉，敏锐地感受到这种让人发自内心感到恐惧的异常，并且，在第一时间，就于冥冥中知晓这是在哪个方向发生的事情。
几乎每一个神秘专家都在第一时间眺望三仙岛和义体高川所在的位置，他们和义体高川在不久前刚刚发生了一些矛盾的争执，而当时争执的内容似乎已经在上演了。他们对现况感到担忧，正因为无法实时观测到现场的状况，所以，丝毫不能让自己那颗已经有些焦虑的内心安定下来。
“果然出事了。”一个神秘专家嘀咕着，“高川先生的确应该更加谨慎一些的。”
“现在说什么都晚了，只能祈祷高川先生能够收拾自己引发的乱子吧。”另一个神秘专家有些不满，但也无可奈何，他们没有办法给义体高川那边半点帮助。
“谨慎就行了吗？谨慎就能阻止敌人的阴谋吗？可不见得。我还是觉得，高川先生有自己的考量……尽管我个人同样不理解。”也有神秘专家这么反驳到，他的这个说法也得到不少神秘专家的认可，敌人的狡猾和神秘事件中那难以阻止的滑落，是每一个神秘专家或多或少都有体会的。如果谨慎就能够阻止来自于“神秘”的阴谋，那么，事态也不会恶劣到如今的样子。在这种时候，虽然仍旧有人坚持概率论，但是，概率在事实上已经变成一个很不靠谱的参考，那些恶性的变化，无论概率有多低，似乎总是会发生的。
“高川先生虽然年纪不大，却是老牌的神秘专家，我们这里没有几个人比他更有经验吧？如果他是出于自己的经验才做出那样的决定，虽然这种做法就像是过去的悬疑小说中，那些作风老派的侦探，但也不是随便就能够否定的。比起担心那边的情况，还不如先做好我们的事情。”魔法少女的中坚人员很快就阻止了己方的这场观念争执，“之前的冲击那么大，显然不可能是高川先生单方面落于下风，而且，他绝对已经启动了三仙岛。与之相比，我们还连自己的船都还没能启动呢。”
如此现实而准确的说法很快就让其他人消停下来，义体高川那边只有一个人，遇到的却是和自己这边类似的的阻力，乃至于更强大的敌人，至少他们自己这边的战斗还没能引发之前的冲击规模。但是，那样强大的战斗余波也证明义体高川其实比己方更快一步完成对船舰的重启。如今幸存的神秘专家饱受纳粹发动的战斗洗礼，也是在这场战争中成长起来的一批精英，他们对于“人数”在这场涉及“神秘”的战争中的作用，仍旧是抱有一个坚定的认可态度。反过来说，这也意味着，他们这边这么多人，竟然无法抢先一步重启宇宙联合实验舰队，去帮助孤身一人作战的义体高川，不就更显得自己无能吗？
这样的认知让许多神秘专家感到脸上火辣辣的，有一股压抑的心情始终不得排解。无论他们如何声称自己做法的正确性，但至少在现阶段，效率是不如义体高川的。而效率在很大时候也意味着更多的意义，乃至于是胜利和失败的关键环节，假设义体高川按照他们提出的建议去行动，能不能在这场冲击所意味的战斗来临前，就将三仙岛重启呢？没有人敢于给出肯定的答案，甚至于，不少人心中抱有否定的答案，因为，他们如今所面临的困难，已经在事实上证明了许多东西。
“权限调整完成了吗？”已经有人在催促那些实地作业的神秘专家了。尽管素体生命的强袭替他们敲开了宇宙联合实验舰队的大门，但是，想要在宇宙联合实验舰队的船舰中，借助素体生命留下的渠道，进一步揭开“莎”的封锁，以及宇宙联合实验舰队自身具备的安全机制，将己方的人员资料录入到权限中，仍旧不是每一个神秘专家都能做到的。擅长于这方面工作的人员并不多，每艘船舰上也不过分配了一两个，他们正满头大汗地，在一些在能力上稍有涉猎这方面的同伴的协助下，为完成最后一步竭尽全力。
“不行！我这边失败了，接口被重新锁定了！”其中一艘船舰上的神秘专家发出哀嚎，“我没办法继续了。”他的失败给他本人带来的打击比旁人想象的还要大，来自于安全机制的反击，差一点就让他丢了小命，幸好旁边的人即使将线路切断，否则，他的物质身体和精神意识都要承受可怕的伤害。
即便如此，他负责的这艘船舰仍旧封锁了所有的动力组件和神秘仓库，这艘宇宙飞船已经无法起飞，也无法开动内藏的武器了。
“不要停留在这里，去其他船舰。”作为临时队伍核心的神秘专家立刻发出指示，尽管负责破解权限的神秘专家仍旧有些失魂落魄，但仍旧被其他人硬生生拖下船，赶往旁边的船舰。他们对自己将要面对的困难有过思量，哪怕有素体生命在前方梳理了一次道路，但是，他们也不觉得自己可以完全顺着这条道路走到终点，要重启宇宙联合实验舰队就是那么地困难。为此，他们也早就打定主意，能够启动多少艘就启动多少艘，其中由五大联合理事国制造出来船舰，以及明显成为一个结构的三舰联合，才是这支舰队中最重要的目标。
中央公国的三仙岛明显已经被义体高川重启，他们只需要解决包括“企业号”才能的余下四艘船舰，之后才是那些从外形上让人觉得“强力”的船舰。不管怎么说，他们都没有足够的资料去猜测到底是哪一艘船舰更厉害，更重要，只能凭借自己对这些船舰的印象做出判断。
就这样，陆续有其他船舰的神秘专家分流到那些稍有知名度的船舰上，直到终于有一艘船舰被确认解锁。
“企业号解锁，权限录入完成。”
“三舰联合也完成了，没有出现排斥反应……这肯定不是自然的构造，我可以感觉到，高川先生利用是三仙岛对这三艘船舰做了某些深入的更改。真是令人难以置信，这三艘船舰对三仙岛是不设防的吗？”
“没必要对同一舰队的同伴设防吧？”有人这么反驳，然而，立刻就有人反驳到，“而且，三仙岛是宇宙联合实验舰队的核心吧？”
“你这么说，就代表你根本不懂政治。”有人嘲讽到。
“我是不懂政治，但我知道谁才是真正的敌人。”对方立这么反驳。
“好了好了！赶紧联络其他船舰，如果他们也完成了的话，我们就要启航了。”负责人打断了这样的争吵。
宇宙联合实验舰队中的所有船舰都经过了维护，宇宙大战时，纳粹给这些船舰留下的创伤，只剩下修补后的伤痕，理论上全是可以运作起来，参与战争的。然而，最终被神秘专家们夺回权限，并成功重启的船舰，却只有十艘——结构最大的也更古怪的三舰联合，是他们唯一获得全部权限的船舰，亦或者说，三艘船舰。
或许正是因为这三艘船舰被义体高川和三仙岛强行进行了更彻底的改造的缘故，“莎”的修改和整装对其影响是最小的，因为三仙岛的重启，这些神秘专家对这三艘船舰的入侵变得更加顺利。
正因如此，神秘专家们不得不将这个庞大又古怪的三舰联合确认为新的宇宙联合实验舰队的核心。大多数神秘专家都呆在三舰联合的内部，对其他船舰进行遥控，而其他船舰只登上了能够将其运作起来的人员。幸好这些船舰拥有高度的自律程序，才让人手窘迫的神秘专家们，能够以极少数人，去完成对新的宇宙联合实验舰队的掌控。
就在这时，一直在关注义体高川和三仙岛动向的神秘专家们齐齐传来新的消息：“三仙岛消失了，冲击已经完全停止。”
“莎”内部的动静无疑是清晰的，冲击停止后，神秘专家们察觉到，“莎”的内部仿佛要收拾残局般，开始了新的运转。然而，三仙岛已经彻底脱离了他们的观测。
“可以定位吗？”立刻有神秘专家确认到。
“不行，只要是朝这方面的探究，坐标系都是一团混乱。”一个神秘专家有些恼火地说到。
“感知呢？”也有人追问。
“同样无法感受到，你们自己应该有所体验吧？”这个神秘专家似乎对这个问题感到不满，这么嘀咕了一句。
“既然如此，就不需要和高川先生会和了。”临时选出的指挥官，最初的魔法少女晓美用一如既往的平淡又坚定的口吻说：“为了以防万一，我们必须启航了。”
没什么神秘专家反驳，他们同样清楚，自己等人的时间不多，倘若想要真的要重掌主导权，就不能抱有侥幸的心理。
魔法少女晓美在同样是初代魔法少女的学姐副官的辅佐下，将所有的神秘专家收拢在目前已经重启的船舰中。这个时候，距离三仙岛完全脱离神秘专家们的观测，已经又过去了十多分钟。然后，她从船长位站起，发出了第一个全舰队指令。
“全舰队通报，立刻升空！”
构造体材质的巨大收容舱徐徐撑开舱顶，但更上头的遥远处，仍旧是封闭的高穹。新的宇宙联合实验舰队共计十艘船舰，在“莎”的内部开始升空。没有可见的尾焰，用的不是寻常的燃料，所有的发动机组都已经被“莎”进行了彻底的改造，动力已经变成了神秘专家们无法理解的东西。所有的数据都已经经过修改，原本并不存在适宜于人们辨识的界面。“莎”试图将这些战舰变成自己的另一个躯体，根本就没必要保留那些为人类服务的种种功用，而“莎”如今瓦尔普吉斯之夜的形态，也已经不具备统治局原住民的需求。只是，入侵的素体生命为这些战舰接入了另一套更具备统治局风格的系统，而利用这套系统开辟出来的渠道，神秘专家才得以重新构建一个适合人类使用的界面，而且还要感谢“莎”没有将宇宙联合实验舰队原本的系统彻底清除掉，在数据库的深处留存有备份。
无论是“莎”的先见之明，亦或者只是它还来不及进一步清除，这些因素都让神秘专家们重启这些船舰留下了足够的机会。
没有声音，哪怕站在近侧，也难以感受到升空过程中产生的冲击，这些战舰就这么舒缓而平稳地上升，调转方向。曾经被素体生命入侵，如今又再次落入神秘专家掌控中的区域权限，正在为宇宙联合实验舰队的脱离开启一条曲折的通道。
从“莎”的内部抵达外面的统治局区域，并不是寻常的基地出入，而是临时数据对冲空间的出入，不过，神秘专家对此并不陌生，最大的困难在于这里原本是瓦尔普吉斯之夜，是一个有意识的数据对冲空间，在正常情况下，“莎”的意愿将会限制一切。但这个限制也已经被解除了——哪怕从另一个角度来说，神秘专家们更宁愿这种限制不是在以“莎”的意识可能失陷的前提下解除的。