天启二十七年初春，当陈青山诉江南机器制造局的“青山之讼”尚未尘埃落定之际，另一场风波在格物院医学院内悄然滋生，其触及的问题，比环境污染更为深邃，直指人伦根本。
风波源于李仲景（李时珍后人）主持的一项秘密研究——输血疗法。研究的初衷是好的：在战场救治和某些大出血的病症中，若能及时补充流失的血液，或可挽救无数性命。此前，已有胆大医师尝试过人血输入，但结果莫测，十之八九患者会迅速死亡，故被视为禁术。
李仲景在王贞仪的支持下，依托格物院改进的显微镜等工具，不再将血液视为一个整体，而是尝试区分其成分。通过大量的动物实验（主要是狗与羊），他观察到，不同个体间的血液混合，有时相安无事，有时则会迅速凝结成块。他模糊地意识到，血液之间似乎存在“合”与“不合”的差异。基于此，他制定了极其严苛的输血规程：仅限危急情况，且需直系血亲之间进行，以期最大程度减少“不合”的风险。
首个公开的、并获得“成功”的案例，发生在一名因作坊事故导致腹部破裂、失血过多的工匠身上。万般无奈之下，李仲景征得其同样身体强健的长子同意，过滤后将其血液输入工匠体内。令人惊奇的是，工匠竟熬过了最危险的关头，逐渐苏醒过来。
消息不胫而走，在南京城引发了轰动。民间将其传为“换血续命”的神迹，格物院医学院的声望一时无两。
然而，首个成功的阴影尚未散去，第二例输血便出了严重问题。一位年迈的富商病重，其家人慕名而来，恳求李仲景施术。尽管不符合“直系血亲”的初步规范，但在富商家人重金恳求和“人命关天”的压力下，李仲景的一位助手在未充分验证的情况下，使用了富商一名健壮家仆的血液。结果，输血过程中，富商便出现剧烈寒战、憋气，不久便一命呜呼。
富商家属瞬间变脸，由恳求者变为苦主，状告格物院“以妖术害命”。更要命的是，此事被一直对格物院“邪门歪道”抱有警惕的保守派官员获悉，立刻在朝堂上掀起了轩然大波。
“陛下！格物院此等行径，已非‘格物’，实乃‘戕生’！”太医院院使再次挺身而出，此次他的愤怒中更带着一丝惊惧，“父子输血，已悖人伦！如今更鬻血牟利，致人死地！血脉乃父母所授，关乎宗族传承，岂容如此混淆？！此风一开，将来是否可随意买卖人血？是否会出现‘血奴’？伦常纲纪，将荡然无存！”
他的指控极为严厉，将一项医疗技术直接提升到了动摇儒家伦理根基的高度。朝堂之上，守旧派官员纷纷附和，要求严惩李仲景及其助手，并禁止格物院再进行此类“骇人听闻”的研究。
就连一些原本支持新政的官员，对此也面露难色，保持沉默。毕竟，“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”的观念深入人心，输血这种行为，在他们看来，无异于玷污血脉，混淆亲疏。
压力瞬间集中到林川和王贞仪身上。
王贞仪在格物院内召开了紧急会议。李仲景面色惨白，既痛心于助手的冒失与患者的死亡，更恐惧于自己倾注心血的研究可能被彻底扼杀。
“院使所言，并非全无道理。”王贞仪出乎意料地没有立刻为研究辩护，她语气沉痛，“我们确实低估了此事的复杂与凶险，更低估了其对世俗人伦的冲击。那名助手违规操作，酿成大错，必须依律惩处。对死者家属，格物院需承担赔偿责任，这是我们的责任。”
她话锋一转，目光扫过在场的研究人员：“但是，因一例失败和世人的不解，就彻底否定一项可能拯救万千性命的研究吗？见死不救，难道就符合‘仁心’了吗？问题的关键，不在于‘输血’本身是对是错，而在于我们是否真正掌握了它的规律，是否建立了确保其安全、且能被世道人心所接受的‘法度’！”
她下令，所有输血研究立即暂停，进行全面复盘。同时，她亲自前往议会，面对质询。
“诸位大人，”王贞仪在议会陈情时，并未回避问题，“输血疗法，确如幼童持利剑，用之不当，反受其害。此次事故，我格物院责无旁贷。但请问，若因菜刀可伤人，便禁止天下人用菜刀切菜否？若因舟船可倾覆，便禁止世人泛舟渡河否？”
她提出了一套应对方案：“第一，格物院将总结此次教训，集中力量，优先攻克血液‘合与不合’之判别方法，制定出远比‘直系血亲’更精确、更安全的检验标准。第二，请议会审议，制定《医事律》特别条款，对此类新型、高风险之医疗手段，规定其严格的适用条件、操作规范与责任界定。第三，此类疗法，在未成熟之前，不得用于非危急情况，更严禁收费，以防利益驱动下的滥用。”
林川支持了王贞仪的立场，他在总结时对议会诸公说道：“格物院走在前面，碰到了我们所有人都未曾想过的问题。这不是坏事，这正说明我们的改革在触及更深层的东西。是惊慌失措地倒退，还是建立新的规则继续谨慎前行？答案不言自明。我们不能因噎废食，更不能被‘祖宗成法’束缚住探索救命之道的手脚。关键在于，如何用更严谨的‘法’与‘理’，来驾驭这脱缰的野马。”
最终，在革新派的力争下，输血研究未被一刀切地禁止，而是被置于更严格的监管和更基础的研究轨道上。李仲景的助手被依法处置，格物院承担了巨额赔偿。
“血脉疑云”暂时告一段落，但它所揭示的科技与人伦的冲突，却如同一个幽灵，徘徊在帝国上空。它让所有人意识到，随着格物之学的日益精进，未来必将有更多挑战传统观念、触及伦理底线的问题涌现。如何为这个飞速变化的时代，构建起与之相匹配的伦理与法律框架，已成为比研发任何单一技术都更为紧迫和深刻的命题。这不仅是科学的困境，更是整个文明在迈向未知时，必须经历的阵痛与自省。