“启明诊所”被砸的狼藉尚未完全收拾停当，空气中的硝烟味也未曾真正散去。然而，这场物理层面的冲击，却意外地引爆了一场更为激烈、影响也更为深远的思想论战。风暴的中心，依然是林怀仁，而战场，则转移到了当时影响力巨大的几家报纸副刊上。
首先发难的，是《新潮》周刊。这份以鼓吹“全盘西化”、倡导“科学万能”而闻名的刊物，刊登了国立东南大学西洋哲学教授吴启华的长文——《论中医之非科学性与当废止之必然》。吴启华曾留学欧美，精通数理逻辑与实证哲学，文风犀利，逻辑严密，在青年学子中拥有大量拥趸。
这篇文章，已超越了此前街头冲击者们情绪化的呐喊，而是试图从学理上对中医进行彻底的“解构”与“审判”。他开篇明义，以当时流行的逻辑实证主义为武器，指出：“凡不能经由经验证实或证伪之命题，皆为无意义之玄学。”随即，他矛头直指中医理论核心：
“夫阴阳五行之说，源于上古巫祝，其概念模糊，内涵游移。何为阳？何为阴？如何量化？如何测定其相生相克？此等话语，不过是一套自我指涉、循环论证的符号游戏，既无法用实验验证，亦无法用逻辑推演，纯属形而上学之臆测，与科学精神南辕北辙。”
“再论经络脏腑，解剖学上不见其形，生理学上不明其质，所谓‘气’、‘血’、‘精’、‘神’，更是虚无缥缈，不可捉摸。相较之下，西医建筑于解剖、生理、生化、病理等坚实科学基础之上，每一论断皆有实证支持，每一药物皆可分析成分，此乃真科学也。”
他尤其抨击了林怀仁“衷中参西”的尝试，称之为“最危险的调和论”：“试图将马车装上汽车引擎，其结果非但不能提速，反而会损毁两者。林怀仁氏以御医之身，行此不伦不类之融合，看似开通，实则更为顽固，因其以‘科学’之外衣，遮蔽了中医内在的非科学本质，阻碍了国人彻底接受现代医学之进程，其危害，犹在纯粹守旧派之上！”
文章最后，他引用了当时在欧洲亦属前沿的“科学划界”理论，断言：“中医不属于科学范畴，它或许是一种文化，一种哲学，甚至是一种艺术，但决然不是科学。既非科学，则不应再享有医学之地位，当以文化遗存视之，而医学教育、公共卫生之领域，应全盘采用科学之西医。”
此文一出，如同在已不平静的湖面投下巨石，立刻引发了知识界的巨大反响。支持者拍案叫绝，认为吴教授“一语中的”、“打了中医的七寸”；而忧虑者亦不乏其人，觉得此论过于决绝，恐有割裂文化之虞。
压力，如同无形的山峦，向林怀仁倾轧而来。弟子们义愤填膺，陈明远拿着报纸，手都在颤抖：“师父，此人全然不懂中医精妙，只会拿着西洋尺子生搬硬套，何其狂妄！”
林怀仁仔细读完了吴启华的文章，神色却异常平静。他没有立即动怒，反而陷入了长久的沉思。他意识到，这已非简单的意气之争，而是两种不同认知范式、两种文明体系在“现代性”门槛前的正面碰撞。回避或简单的驳斥都无济于事，必须直指核心，从哲学根基与方法论层面进行回应。
数日后，在立场相对温和、以倡导“理性讨论”着称的《大公报》“学术”版，刊登了林怀仁的回应文章，题为——《也论“科学”与“医道”——与吴启华先生商榷兼谈中医之现代价值》。
这篇文章，一反吴启华的咄咄逼人，以一种沉稳、理性甚至带着几分悲悯的笔调展开。
他首先肯定了吴启华对“科学精神”的推崇，并表示“此心同，此理同”。他写道：“科学之要义，在于实事求是，在于追求真理，此乃人类文明之公器，非西人所独有。林某不才，昔日负笈柏林，亦曾为显微镜下之世界、x光中之影像所震撼，深知实证、分析、定量之法，对于认识世界之重要。”
然而，笔锋随即一转：“然，吴先生以逻辑实证主义为唯一标尺，断言不能证伪者即为无意义，此论恐怕是将‘科学’之一隅，视作了‘真理’之全部。科学本身亦在发展中，今日不可证伪者，安知明日仍不可证伪？以有限之知识，划定无限之可能，岂非另一种形式的‘迷信’？”
接着，他针对“阴阳五行”的指责，进行了深入的辨析：“吴先生讥讽阴阳五行为玄学符号，殊不知，此乃我先民观察自然、归纳生命现象所创造的一套‘系统论’模型。其价值，不在于描述具体的物质实体，而在于揭示事物之间相互联系、相互制约、动态平衡的‘关系’与‘功能’。譬如，‘阴阳’可理解为机体兴奋与抑制、合成与代谢之对立统一过程；‘五行’之生克乘侮，亦可视为对人体各系统功能复杂互动关系的朴素描述。此等宏观把握、整体调节之思维，恰是西医侧重于局部、微观分析之外的重要补充。”
关于经络脏腑，他承认其实体尚未完全明晰，但反问道：“空气无处不在，其具体分子运动轨迹，古人亦不知晓，然风之存在与力量，岂可否认？中医之‘气’与‘经络’，正是基于千百年临床实践，观察到的生命能量流通与信息传递之现象总结。其‘存在’先于‘机制阐明’，此正是科学未来需要探索之领域，岂能因暂时无法完全用现有科学语言解释，便断然否定其现象本身？”
他重点驳斥了“中医非科学故当废”的论点，提出了一个更为根本的问题：“医学之最终目的，是‘治病救人’，还是‘符合某种哲学定义’？若一种理论指导下的实践，能够有效解除病痛，拯救生命，那么，即便其理论体系暂时无法被现有科学范式完全涵盖，我们是否应因其‘不科学’的标签而轻易抛弃？这是否违背了科学‘求真务实’的初心？”
最后，他再次阐发“衷中参西”的理念：“吾所谓‘衷中’，是坚守中医整体、辨证、动态之核心智慧，此乃数千年实践检验之精华；‘参西’，是以开放胸襟，借用现代科学之方法与工具，使中医之‘所以然’更加明晰，使诊断更精确，用药更安全。此非调和，乃是发展；非抱残守缺，乃是返本开新。愿与吴先生及诸位关心国医命运之同仁共勉：勿以门户划界限，当以疗效论高低，以包容心态，共探人类健康之大道。”
林怀仁的文章，如同一位内功深厚的高手，没有硬碰硬，而是以柔克刚，将论战提升到了认识论、方法论和价值论的高度。他不仅回应了质疑，更重新定义了问题的边界——医学的本质是实践智慧，科学的目的是服务人类，而非削足适履。
这场“林吴之辩”迅速成为舆论焦点，引发了连锁反应。多家报纸开辟专栏，众多学者、医生、甚至普通读者加入讨论。支持吴启华者，继续强调科学的纯粹性与标准的普世性；而同情或支持林怀仁者，则开始反思“科学主义”的霸权，重新审视传统文化在现代社会的价值与转化路径。
吴启华很快发表了第二篇文章，语气虽稍缓，但立场依旧强硬，继续从分析哲学的角度纠缠于概念的清晰性与可证伪性。林怀仁则再次从容回应，进一步阐述了“不同知识体系有其不同的适用范围与有效性标准”的观点。
这场笔战持续了数月之久，双方往来数个回合，虽未能说服彼此，但其意义已然超越了个人的胜负。它如同一场思想的淬炼，迫使当时的知识界不得不更深入、更理性地思考“传统与现代”、“中国与西方”、“科学与人文”这些缠绕了近代中国一个多世纪的核心命题。
通过这场论战，林怀仁和他的“衷中参西”理念，虽然依旧争议重重，却真正进入了主流学术视野，不再是边缘的、可被轻易忽视的声音。许多原本对中医抱有偏见的人，开始因为林怀仁严谨、理性、开放的姿态而愿意重新了解；一些有志于医学研究的年轻人，更是从中看到了一个充满挑战与希望的新方向。
报纸上的墨迹虽干，但这场论战所点燃的思想火种，却已在无数人心中悄然播下。它标志着，关于中医命运的探讨，已经从情绪化的喧嚣和暴力的打砸，开始转向了理性的辨析与学理的构建。这条路依然漫长且布满荆棘，但林怀仁知道，他正走在正确的方向上，用笔墨，为那寒冬中的种子，争取着宝贵的阳光与空间。