1944年10月，美国海军在菲律宾莱特湾大败日本联合舰队。经此一役，昔日不可一世的日本海军沦为战场配角，只能干点看家护院或运兵运粮的辅助工作，彻底丧失了与美军正面对抗的能力。不过，海军的胜利与麦克阿瑟和美国陆军无关。对于麦阿瑟而言，他最关心的还是什么时候能够登陆吕宋岛，什么时候能够收复马尼拉。
1941年12月8日即珍珠港遇袭的几乎同一时间，日本出动43艘战舰、500架飞机，5.4万陆军大举入侵菲律宾。开战前一个月，身为菲律宾太上皇的麦大帅曾对美国陆军部大吹法螺，说什么自己很快就可以动员20万新兵（菲律宾土着）充实到实战部队，还说只要有足够多的航空兵，别说保下菲律宾和马尼拉，他连整个东南亚都能保住。然而事实证明，麦克阿瑟只能打顺风局。逆境之下，这位西点精英的临场指挥完全就是乱七八糟。
1942年3月，菲律宾战事败局已定，罗斯福考虑到麦克阿瑟是美国英雄，绝不能被日寇俘虏，便将其接到了澳大利亚。麦克阿瑟尔是好面子的人，自尊心极强，丢了这么大的脸，不报仇就是见鬼了。所以自此开始，他就像着了魔一样，凡是对他重回菲律宾有利的军事计划，他就可劲儿的摇旗呐喊，反之，他就想方设法搞破坏。为了复仇，他甚至要求华盛顿方面将太平洋战场的美国陆海军都交由他指挥，一个不擅长打逆风局的旱鸭子却要求指挥海军，如此扯淡的申请，换谁也不可能同意。为此，尼米兹没少与麦克阿瑟争执，罗斯福为了大局考虑，也不得不拖着病躯多次莅临前线协调关系。
当然，麦大帅毕竟不是一般人，他晋升陆军少将时，尼米兹和马歇尔不过是中校，艾森豪威尔只是少校，并且他还跟大后方的一帮共和党政客眉来眼去，捞足了政治资本。因此，尽管麦克阿瑟的要求不合理，但罗斯福、尼米兹还是表示可以在1944年寻机收复菲律宾。
到了1944年12月25日，随着美军攻占莱特岛，海军方面也早已保证将全力支持陆军登陆吕宋岛，老迈心心念念了两年半的复仇计划也终于可以落实了。就在美军准备发动大规模登陆战的同时，日军也在调兵遣将。
1944年12月17日，驻菲律宾日军最高指挥官山下奉文根据海军不可能支援吕宋岛作战，制空权也早已丧失的实际情况。宣布马尼拉为不设防城市，并将吕宋岛上的日本陆军分为“尚武”、“振武”、“建武”三个集团。其中的尚武集团约15.2万人，由山下奉文亲自指挥，防守吕宋岛北部地区，振武集团约八万人，由第八师团师团长横山靖雄指挥，扼守马尼拉以东地区，建武集团三万人，由塚田理喜智指挥，守卫克拉克机场及巴丹半岛。
山下奉文是很务实的将领，因此他制定的作战计划也很现实，日军既没有能够摧毁美军重装备的武器，又只剩下几十架飞机，决战根本不可能。既然无法阻止美军登陆，倒不如放弃第一线阵地，引诱美军深入寻机歼灭。如果歼灭不成，就将部队退到山区与美军打持久防御战，能拖多久算多久？
1945年1月9日，美军完成战备后，登陆战打响，美第六集团军20万人。在233艘战舰，800运输船和1000架飞机的支援下于吕宋岛西岸的林加延湾登陆。之所以选择在林加延湾登陆，主要有两个原因：一是日军判断美军会在马尼拉附近登陆，对北面林加延湾的防御不够重视，二是日军当初入侵菲律宾时就是在这里登上吕宋岛的。
麦克阿瑟为了完成他所谓的完美的复仇计划，便有意声南击北，扰乱日军判断。由于日军在林加延湾基本没什么防御，所以美军的登陆过程很顺利，从早上到下午，仅半天时间，就有6.8万人成功上岸，并建立起了一条27公里宽，纵身达到6公里的登陆场。在此期间，日军出动
“神风特攻队”，撞沉了美军一艘护航航母和一艘驱逐舰。不过，这点损失对美军来说连毛毛雨都算不上。有意思的是，打退了日军反扑后，美军工兵专门用推土机在海滩上推出出一道沙堤，这样麦克阿瑟上岸的时候就不会被海水打湿鞋子。
但老迈何许人也？这种露面的机会他怎能错过？正当登陆艇靠近海滩时，他大步流星的从登陆艇斜板上走了下来。在早已等候的随军记者面前，又重现了一个多月前他在莱特湾涉水而进的一幕。不过，再好吃的甜品吃多了也觉得腻歪，老麦的这次政治表演缺乏新意，没能在国内掀起太大的波澜。
1945年1月10日，美军登岛部队已达17万人。根据战前制定的计划，美军第六集团军第一军负责侧翼掩护，顶住日军尚武集团的反扑，第14军则向南挺进，攻打马尼拉。
美第六集团军司令克鲁格是个很谨慎的人，虽然日军放开了大陆，美军面前是一片开阔地，但出于谨慎考虑，他还是命令部队抱团行进，也就是各部间距不能拉得太大，前面的部队一定要等后续部队跟进后再开拔。因此，第14军的行军速度非澈慢，4天才走了16公里。麦克阿瑟尔对克鲁格的归宿行进很不满，因为海军即将撤退，要准备登陆硫磺岛了，陆军必须尽快推进，彻底拿下战场主动权，但临阵换将又必然会扰乱军心，于是，麦克阿瑟尔便一面亲自催促克鲁格加快行动，一面调动部队寻机在马尼拉附近登陆。
在麦克阿瑟的压力下，克鲁格改变打法。他亲自指挥第14军快速前进，并命令第一军沿侧翼并进，肃清龟缩于吕宋北部山区的日军。美军加快推进速度，这让山下奉文看到了偷袭的机会。很快，日军尚武集团集结40辆97式中型坦克和5辆95式轻型坦克，配合步兵向美第一军第六师发起凶猛进攻。此役，美军一度被打得连连后撤，但麦克阿瑟反应及时，第一时间派兵增援，并亲临第六师阵地指挥打退了日军进攻。
1月23日，南下的美军第14军进攻克拉克机场，并夺取了机场跑道。塚田理喜智派出坦克部队反击，但日军的97式坦克只有15吨，主装甲仅25毫米厚，而美军的m4谢尔曼坦克全重33.5吨，主炮75毫米，装甲正面63毫米，侧面38毫米，炮塔正面89毫米。塚田理喜智用97式坦克对冲谢尔曼，无疑是以卵击石，又收获一场大败。
1月29日，美第11军四万人奉命在圣安东尼奥登陆，一举切断了日军建武集团撤往巴丹半岛的退路。塚田理喜智无路可退，只好带着建武集团的残余兵力跑到山区打游击。
1月31日，第14军击退日军反扑后，先头部队急速推进到了马尼拉西北20公里处。同一天，美军第11空降师的两个团在马尼拉西南方向72公里处的纳苏格布湾登陆。至此，日军尚武集团被美军第一军牢牢定在了吕宋岛北部，建武集团则被美军第11军和第14军死死围在了西南部山区。
由于山下奉文早先宣布马尼拉市不设防城市。日本陆军也早就从市区撤走，因而麦克阿瑟便以为接下来拿下马尼拉将会很轻松。可实际情况却出乎预料，横山静雄指挥的振武集团从马尼拉撤出后，驻守城内的1.7万名海军陆战队和四千陆军中的好战分子不听招呼，坚决要求打巷战。海军陆战队指挥官岩渊三次傲慢的表示：“我海军陆战队打巷战水平全球第一，怎能轻易放弃城市，跑出去和陆军马路与美军打野战呢”？岩渊三次甚至还扬言，就算把整个马尼拉变成废墟，也坚决不撤退。如此一来，原本可以和平解放的马尼拉瞬间变成了人间炼狱。
2月3日，为了尽快拿下马尼拉，麦克阿瑟尔命令骑兵一师不顾一切的冲入马尼拉市区。
第二天，步兵37师和空降11师也参加了战斗。美军三个师凭借优势兵力，将2.1万日军团团围住。正常情况下，美军进攻之前会先用飞机、大炮把日军阵地犁一遍，但由于日军以市区建筑为掩体，而麦克阿瑟尔出于保护城市及平民考虑，下令不许对市区进行炮轰及空袭。于是，这就导致美军在进攻初期不得不逐栋楼宇推进，与日军进行漫长且伤亡极大的巷战。
战至二月下旬，美军厌烦了无休止的巷战，集中140门大口径火炮对马尼拉主城区持续轰击了四天。轰炸过后，日军伤亡过半，抵抗情绪远不如当初。
3月4日，经过一个月的搏杀，城内日军终于被围歼，可是马尼拉市区因为这场鏖战也遭到了严重破坏。此战美军阵亡1010人，5565人受伤，日军除3000人突围，几百人被俘外，其余全部被击毙。日寇覆灭前，为了发泄怒火，见人就杀，约10万菲律宾平民在战争中遇害。
马尼拉战役后，美军开始重点打击龟缩在吕宋岛东南部的日军振武集团。横山静雄不想坐以待毙，指挥部队对美军发动反击。但因为日军缺乏重武器，几次反攻最后都变成了送人头，仗打成这个鬼样子，日军再傻也知道要想活命只能往山沟沟里跑，不然就只能当人肉靶子，被美军炸死。可是吕宋岛上20多万鬼子人吃马嚼，一天的给养消耗就不是个小数字，而吕宋岛贫瘠的山区根本养不活20多万鬼子兵，所以日军很快就断粮了，并因断粮引发了恶性循环，身体素质差的士兵首先病死，活着的人没力气处理饿死者的尸体，尸体便慢慢腐烂，形成大规模瘟疫，瘟疫人传，人瞬间又倒下一大片。这种连饿带病的死亡比机枪扫射的效率都高。
截止到1945年8月，日军三个作战集团减员19.4万人，其中山下奉文指挥的尚武集团减员三分之二，15.2万人最后剩下5.5万人，衡山静雄的振武集团减员近九成，8万人最后只剩下1.25万人，塚田理喜智的建武集团最惨。由于活动区域小，3万人到最后仅剩下1300人。1945年8月15日，日本宣布投降。
8月31日，美军飞机投下书信，勒令日军限期投降。
9月2日，面对上级的投降指示和美军的最后通牒，山下奉文走出雨林，向盟军投降。此后几天，分布在菲律宾群岛的大部分日军陆续向美军缴械投降。之所以说大部分而不是全部，是因为少部分鬼子拒绝投降。这其中的代表人物叫小野田宽牢。
1944年12月，小野田宽郎与伍长岛田庄一、上等兵小冢金七、一等兵赤津勇一奉命潜伏于菲律宾的卢邦岛。由于顶头上司给他们下达的命令是长期坚持不准自杀，不准投降，加上他们长期受军国主义思想荼毒，服从性极强，因而潜伏下来后，四人便一直拒绝投降。在潜伏期间，这四名鬼畜肚子饿了，就下山偷当地居民的家禽，遇上菲律宾警察搜山无法下山时，他们就在山上打野生动物吃，连野生动物都没得吃时，他们就吃野果子，比如把香蕉晒成干充当干粮。
1950年，赤津勇一实在受不了绝望环境的煎熬，高举双手向当地警察投降。剩下的三人互相激励，选择继续战斗。
1954年三人中的岛田庄一在一次冲突中被菲律宾警察打死。但这件事儿在当时并没有引起舆论的重视。
直到1972年，小冢金七也被当地警察击毙，这才在世界上引起轩然大波。此时，距日本投降已经有27年，菲律宾的雨林中居然还有拒绝投降的鬼子兵，这实在是太夸张了。为此，日本政府派人到山里喊话，但小野田宽郎始终不买账，认定这是敌人的心理带。
1974年2月20日，日本一名叫铃木纪夫的探险家发现了小野田宽郎，告诉他战争早已经结束，日本真的投降了。小野田宽郎表示自己接到的命令是长期潜伏，没有上级指示，他不能投降。没办法，铃木只好返回日本，费了九牛二虎之力，找到小野田宽郎的老上司谷口义美。
1974年3月9日，谷口义美当面向小野田宽狼宣布投降命令。这位坚持了29年才投降的鬼子兵这才放下武器。
从发动莱特岛战役到日本投降，美军与日军在菲律宾鏖战近一年。这场战役的日军死亡人数各种资料说法不一。按照《日本陆海军事典》的记载，日本总计死亡51.8万人，其中陆军战死36.9万人，海军战死11.8万人，其余是随军家属。如果这一数据是准确的，那毫无疑问，日军在太平洋战争中伤亡最惨的一战就是菲律宾战役。